Tujuan bermain game Puyo-Puyo adalah untuk mengalahkan lawan, salah satunya dengan cara kolom ketiga dari pojok kiri atas layar musuh (bagian bertanda X) terisitersumbat dengan puyo. Bagian yang bertanda X merupakan asal puzzle puyo dijatuhkan. Jika bagian bertanda X tersumbat puyo dibawah, maka puzzle puyo yang baru tidak bisa dijatuhkan dan otomatis permainan selesai. Puyo adalah makhluk kecil berbentuk biji-bijian yang jatuh dari atas layar. Puyo bisa berpindah tempat, dijatuhkan, ataupun berputar saat Puyo jatuh ke bawah. Bidak tersebut jatuh pada bagian Puyo lain atau bagian bawah layar. Ketika empat atau lebih Puyo dengan warna yang sama berbaris berdekatan satu sama lain, Puyo tersebut akan terhubung satu sama lain, meledak, dan menghilang. Puyo dengan warna yang sama dapat dihubungkan secara horizontal atau vertikal, tetapi tidak secara diagonal.
Rantai dibuat ketika Puyo jatuh menyebabkan grup baru Puyo meledak, membuat reaksi berantai. Ketika Rantai tercapai, Sampah Puyo atau Ojama Puyo/Puyo penghalang (お邪魔ぷよ) diciptakan dan dikirim untuk menyumbat layar lawan atau untuk membatalkan (mengimbangi) Sampah Puyo yang dikirim oleh lawan. Sampah Puyo adalah biji-bijian berwarna transparan (tembus pandang) yang hilang saat Puyo muncul di sebelahnya. Jika beberapa kelompok Puyo dibersihkan secara berurutan karena sebuah rantai, jumlah Sampah Puyo akan bertambah hanya berdasarkan jumlah langkah dalam rantai tersebut. Sampah Puyo disimpan di atas lapangan permainan lawan, dan tidak jatuh sampai rantai penyerang berakhir, dan kemudian pemain bertahan meletakkan bidaknya. Sampah Puyo menghalangi lapangan permainan lawan, dan dapat menyebabkan mereka kalah jika ditempatkan di posisi ketiga dari kiri di baris atas.
