Terdapat periode intermiten dalam pengoperasian kereta penumpang biasa menuju Vatikan,<ref name=traffic/> namun dalam penggunaan masa kini, stasiun Kota Vatikan hanya memiliki kereta layanan penumpang berjadwal rutin sejak tahun 2015.
Kereta penumpang khusus mingguan beroperasi, disediakan oleh [[Museum Vatikan]] dan [[Transportasi kereta api di Italia|kereta api Italia]]. Kereta api khusus untuk tamu undangan dan wartawan media diresmikan pada 11 September 2015. Kereta perdana ini diangkut oleh lokomotif uap [[FS Class 625]] 625-017 yang dibangun pada tahun 1915. Mesin yang sama digunakan oleh keluarga kerajaan Italia , dan juga mengangkut kereta yang membawa [[Paus Yohanes XXIII]] ke Loreto dan Assisi pada tahun 1962. Layanan reguler ini beroperasi setiap hari Sabtu sejak 12 September 2015, dengan pengunjung Museum Vatikan menaiki kereta untuk melakukan perjalanan ke [[Kepausan Istana Kepausan Castel Gandolfo|Vila Kepausan di Castel Gandolfo]].<ref>{{cite web|title=Mesin kecil yang bisa: Paus membujuk Vatikan untuk membuka jalur kereta api ke vila|url=http://cnstopstories.com/2015/09 /14/little-engine-that-could-pope-coaxes-vatican-to-open-railway-to-villa/|access-date=14 September 2015}}</ref> Kereta terjadwal menggunakan [[Kereta komuter|kontemporer gerbong pinggiran kota]] untuk melakukan perjalanan dari stasiun kereta Kota Vatikan ke Albano Laziale, melalui Castel Gandolfo.<ref name=Muoversiaroma /> Di stasiun, pengunjung dapat mengunjungi museum dan taman kepausan yang baru dibuat, dan mengunjungi kota. Tur kembali pada sore yang sama, berakhir satu perhentian ke selatan di {{rws| Roma San Pietro}}.<ref name=Muoversiaroma>{{cite web|title=Perjalanan kereta api dari Vatikan ke Castel Gandolfo|url=http://www.muoversiaroma.it/muoversiaroma/articolo.aspx?id=14129| tanggal akses=14 September 2015|url-status=dead|archive-url=https://web.archive.org/web/20160304230649/http://www.muoversiaroma.it/muoversiaroma/articolo.aspx?id= 14129|archive-date=4 Maret 2016}}</ref><ref>Kereta reguler dari Vatikan ''[[The Railway Magazine]]'' edisi 1375 Oktober 2015 halaman 107</ref>
