[[Berkas:Misool.jpg|jmpl|Bukit karst dan danau di Pulau Misool, Raja Ampat]]
Papua Barat Daya terletak di bagian barat [[Semenanjung Kepala Burung]] (juga disebut Doberai atau Vogelkop). Topografinya beranekaragam dari kawasan pesisir hingga pegunungan. [[Mangrove]] banyak ditemukan di pesisir selatan Kabupaten Sorong dan Sorong Selatan. Mangrove diPesisir Sorong Selatan disebut-sebut sebagai salah satu areal mangrove dan hutan sagu terluas kedua di Pulau Papua setelah [[Teluk Bintuni]]. Kawasan ini banyak ditemukan flora dan fauna yang menjadi sumber pangan suku lokal serta komoditas ekspor seperti [[rumbia|pohon sagu]], [[kepiting bakau]], dan [[udang]]. Areal mangrove yang lebih kecil dapat ditemukan di Kota Sorong dan Raja Ampat.<ref>{{Cite web|url=https://www.kompas.id/baca/adv_post/kirab-pemilu-2024-di-sorong-selatan-ulik-potensi-udang-dan-kepiting|title=Kirab Pemilu 2024 di Sorong Selatan, Ulik Potensi Udang dan Kepiting|date=2023-11-12|access-date=2024-02-13|website=kompas.id|publisher=KOMPAS}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.wwf.id/id/blog/hutan-mangrove-sorong-selatan|title=RIMBUNNYA HUTAN MANGROVE SORONG SELATAN MENJADI SARANA MASYARAKAT UNTUK BERBURU RUPIAH|date=2018-11-06|website=wwf.id|last=Dhani|first=Arya Kusuma|publisher=WWF - INDONESIA}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://wonderfulimages.kemenparekraf.go.id/read/502/menparekraf-tinjau-taman-wisata-mangrove-klawalu-pertama-di-tanah-papua|title=Menparekraf Tinjau Taman Wisata Mangrove Klawalu Pertama di Tanah Papua|date=2021-10-25|website=kemenparekraf.go.id|last=Setiawan|first=Azhari|publisher=Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif}}</ref> Mangrove di Sorong Selatan dilintasi oleh sungai-sungai yang hulunya berada di tengah Semenanjung Kepala Burung, salah satunya kawasan dataran tinggi Ayamaru. Dataran tinggi Ayamaru terletak di Kabupaten Maybrat yang merupakan kawasan [[karst]] atau [[batu gamping]] dengan ketinggian 350 mdpl. Pada dataran tinggi tersebut terdapat [[Danau Ayamaru]] yang airnya bening dengan warna biru-hijau akibat batuan karst yang terlarut. Danau Ayamaru memiliki ikan endemik seperti [[Melanotaeniidae|ikan pelangi boesemani]] (''Melanotaenia boesemani'').<ref>{{Cite journal|title=ANALISIS FAKTOR PENYEBAB DAN STRATEGI PENGENDALIAN KEKERINGAN DANAU AYAMARU KABUPATEN MAYBRAT|journal=Jurnal ELIPS (Ekonomi, Lingkungan, Infrastruktur, Pengembangan Wilayah dan Sosial Budaya)|url=https://ejournal.uncen.ac.id/index.php/ELIPS/article/view/1606|last=Smur|first=Jembris|issue=1|volume=4|last2=Rusim|first2=Dewi Ana|publisher=Universitas Cenderawasih|year=2021|last3=Manalu|first3=Janviter}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://sorong.tribunnews.com/2023/03/22/berwisata-di-papua-barat-daya-coba-kunjungi-danau-ayamaru-di-kab-maybrat-yang-miliki-air-jernih|title=Berwisata di Papua Barat Daya, Coba Kunjungi Danau Ayamaru di Kab Maybrat yang Miliki Air Jernih|date=2023-03-22|website=sorong.tribunnews.com|last=Hakim|first=Rahman}}</ref>
Bagian barat Papua Barat Daya adalah Kepulauan Raja Ampat yang terdiri dari berbagai pulau seperti [[Pulau Waigeo]], [[Pulau Salawati]], [[Pulau Misool]], [[Pulau Batanta]], dan pulau-pulau lainnya. Beberapa pulau di Raja Ampat seperti Pulau Wayag memiliki keunikan karena berupa bentang alam karst berbentuk perbukitan dengan dinding yang curam. Raja Ampat dideklarasikan sebagai salah satu [[taman bumi]] UNESCO di Indonesia karena keunikan geologisnya.<ref>{{Cite web|url=https://rajaampatgeopark.com/id/our-heritage/geoheritage/|title=WARISAN GEOLOGI|access-date=2024-02-13|publisher=Pusat Informasi Geopark Raja Ampat}}</ref> Lautan di sekitar Raja Ampat adalah salah satu kawasan dengan [[biodiversitas]] [[terumbu karang]] terbesar di dunia. Lebih dari 500 spesies [[koral]], 1400 spesies [[ikan terumbu karang]], dan 600 spesies [[molluska]] dapat ditemukan disini.<ref>{{Cite journal|title=Papuan Bird’s Head Seascape: Emerging threats and challenges in the global center of marine biodiversity|journal=Marine Pollution Bulletin|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0025326X12003451#b0015|last=Mangubhai|first=Sangeeta ''et al."}}</ref> Salah satu bagian dari Raja Ampat yaitu [[Kepulauan Ayau]] yang terdiri atas [[atol]]. Atol adalah pulau yang berasal dari terumbu karang yang muncul ke permukaan air dan membentuk formasi cincin dengan bagian tengahnya disebut [[laguna]]. Atol memiliki biodiversitas perairan yang tinggi.<ref>{{Cite web|url=https://www.mongabay.co.id/2019/08/20/aneka-potensi-dari-kawasan-pulau-terluar-samudera-pasifik/|title=Aneka Potensi dari Kawasan Pulau Terluar Samudera Pasifik|date=2019-08-20|website=mongabay.co.id|last=Ambari|first=M.|publisher=MONGABAY}}</ref>
