Yubileum Agung ditutup pada tanggal 6 Januari 2001 dengan Misa [[Epifani]]. Pada malam sebelumnya, [[Basilika Santo Petrus]] dijadwalkan tutup pada pukul 18.00. namun gereja tetap buka hingga peziarah terakhir melewati Pintu Suci sekitar pukul 02.20 pada tanggal 6 Januari.<ref>[http://web.archive.org/web/20080326210656/http://www.encyclopedia.com/doc/1G1-70368543.html "Nikmat terakhir di Pintu Suci"], [[National Catholic Reporter]], 19 Januari 2001, via encyclopedia.com.</ref><ref>[http://web.archive.org/web/20071103141329/http://archives.cnn.com/2001/WORLD/europe/italy/01/06/vatican.pope/ "Paus mengakhiri Tahun Suci Katolik"], [[CNN] ], 6 Januari 2001.</ref> Setelah menutup Pintu Suci dengan khidmat, Paus merayakan Misa di depan basilika di hadapan umat yang berjumlah sekitar 10.000 orang. Pada kesempatan ini, Paus menandatangani Surat Apostoliknya ''[[Novo millennio ineunte|Novo Millennio Ineunte]]'' (''Pada awal milenium baru'') yang menguraikan prioritas Gereja untuk abad ke-21 dan di luar.
