Selama [[Pertempuran Marawi]] tahun 2017, kelompok ekstremis Islam [[Kelompok Maute|Maute]] merebut gereja katedral ini sebagai bagian dari pengambilalihan kota tersebut. Video online yang diposting oleh para militan Islam tersebut menunjukkan mereka menggulingkan dan menghancurkan ikon-ikon keagamaan, merobek foto-foto [[Paus Fransiskus]], dan [[penodaan|penodaan]] [[kanselir]]. Mereka kemudian membakar bangku gereja dan seluruh bangunan.<ref>{{cite news|title=Penghancuran katedral Marawi membuat marah uskup|url=http://news.abs-cbn.com/news/06/06/17/destruction -of-marawi-cathedral-angers-bishop|accessdate=5 Juli 2017|work=ABS-CBN News|date=6 Juni 2017}}</ref> Gereja rusak berat dengan lubang peluru di dinding bangunan dan kertas timah.<ref>{{cite news |last1=Aurelio |first1=Julie |date=10 Oktober 2017 |title=CBCP: Gereja-gereja yang rusak di Marawi perlu dipulihkan |work=Philippine Daily Inquirer |url=http://newsinfo .inquirer.net/936763/cbcp-damaged-churches-in-marawi-need-to-be-restored |accessdate=10 Oktober 2017}}</ref><ref name="vat">{{cite news|title =Katedral Marawi merayakan Misa pertama sejak serangan Mei|url=http://en.radiovaticana.va/news/2017/10/02/marawi_cathedral_philippines_mass_/1340373|accessdate=10 Oktober 2017|publisher=Vatican Radio|date=2 Oktober 2017 }}</ref>
Militer merebut kembali katedral tersebut dari Kelompok Maute pada 25 Agustus 2017.
