Pondok pesantren ini memiliki landasan yang disebut "''Pesantren spirit but modern system''", menggunakan [[kurikulum]] yang mengacu pada [[Kementerian Agama Republik Indonesia|Kementerian Agama]] dan [[Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia|Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan]]. Muatan lokal pun diberikan kepada para siswa, seperti [[Piagam Madinah]] dan [[Hak Asasi Manusia]] serta [[Jurnalistik]]. Selain itu, siswa dibekali kemampuan didaktik agar bisa mengajar.<ref>[http://kliping.kemenag.go.id/downloads/4be68bd8cd0cf568022b62043b8de51c.pdf Kala Menag Bertamu ke Pesantren Al-Zaytun Indramayu] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20151222114232/http://kliping.kemenag.go.id/downloads/4be68bd8cd0cf568022b62043b8de51c.pdf |date=2015-12-22 }}. kliping.kemenag.go.id. 12 Mei 2011. Diakses tanggal 21 Desember 2015</ref> Santri Al-Zaytun mengatakan bahwa mereka diajarkan Islam yang terbuka dan [[Toleransi|toleran]], menghindari perpecahan seperti pada aliran [[Sunni]] dan [[Syiah]], serta menerima penganut agama lain, seperti ditulis oleh ''Post-Gazette'', "Siswa di sekolah tersebut mengatakan bahwa mereka diajarkan versi Islam yang terbuka dan toleran, menghindari perpecahan seperti Sunni dan Syiah, serta menerima penganut agama lain."<ref>[http://www.post-gazette.com/opinion/Op-Ed/2007/06/15/Sunday-Forum-Indonesia-Embracing-moderation/stories/200706150324 Sunday Forum: Indonesia -- Embracing Moderation]. post-gazette.com. 15 Juni 2007. Diakses tanggal 24 Desember 2015.</ref>
