Riwayat pendidikan Gus Yahya tercatat pernah menimba ilmu di pesantren asuhan [[Ali Maksum|KH. Ali Maksum]] di Madrasah Al Munawwir [[Krapyak, Sewon, Bantul|Krapyak, Bantul]]. Alumni [[SMA Negeri 1 Teladan Yogyakarta]]. Pada jenjang pendidikan tinggi, ia tercatat pernah menempuh pendidikan Jurusan Sosiologi di Fakultas Ilmu Sosial dan Politik [[Universitas Gadjah Mada]]. Pada saat menjadi mahasiswa, ia juga aktif dalam Organisasi Ekstra Kampus sebagai Ketua Umum Komisariat Fisipol UGM [[Himpunan Mahasiswa Islam|Himpunan Mahasiswa Islam (HMI)]] Cabang Yogyakarta Periode 1986-1987.<ref name=":0">{{Cite news|last=Hendartyo|first=Muhammad|date=12 Oktober 2021|title=Profil Yahya Staquf, Salah Satu Calon Ketua Umum PBNU|url=https://nasional.tempo.co/read/1516301/profil-yahya-staquf-salah-satu-calon-ketua-umum-pbnu|work=[[Tempo.co]]|access-date=13 November 2021|editor-last=Wibowo|editor-first=Eko Ari|language=id}}</ref>