Ruang pameran ketiga adalah ruang pameran kelautan, dimana menampilkan keindahan laut maluku dan alat-alat transportasi yang digunakan dari zaman dulu sampai yang modern. selain itu juga ada beberapa rangka paus dan buaya yang juga dipamerkan.
Jadi ribuan koleksi museum ini tersebut terbagi atas 10 [[jenis]], yakni [[geologika]], [[biologika]], [[etnografika]], [[arkeologika]], [[historika]], [[numismatika heraldika]], [[filologika]], [[keramik]]a, [[teknologi|teknologi modern]], dan [[seni rupa]].<ref name="re">{{cite web |url=http://www.republika.co.id/berita/gaya-hidup/travelling/14/02/28/n1pcbo-museum-siwalima-maluku-punya-koleksi-baru |title=Museum Siwalima Punya Koleksi Baru |publisher=Republika |accessdate=14 Mei 2014}}</ref> Sebenarnya banyak koleksi museum Siwalima yang belum pernah di pamerkan, karena Museum Siwalima memiliki 5300 koleksi yang<ref name="re" /> Setiap lima tahun akan ada perubahan koleksi yang dipamerkan.<ref name="kompas">{{cite web |url=http://sejarah.kompasiana.com/2011/10/08/terlempar-ke-satu-masa-di-museum-siwalima-399845.html |title=Terlempar ke Satu Masa di Museum Siwalima |publisher=Kompasiana |accessdate=14 Mei 2014 |archive-date=2014-05-14 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140514192651/http://sejarah.kompasiana.com/2011/10/08/terlempar-ke-satu-masa-di-museum-siwalima-399845.html |dead-url=yes }}</ref>
kebanyakanKebanyakan koleksi sejarah dan budaya Maluku yang berada di museum ini berasal dari [[kabupaten]] [[Maluku Tenggara Barat]], [[Maluku Barat Daya]], dan [[Maluku Tengah]].<ref name=re/> Beberapa koleksi keramik kuno [[China]] yang berasal dari zaman [[Dinasti Ming]] juga diperoleh dari kabupaten Maluku Tenggara Barat dan Maluku Barat Daya.<ref name=re/>
Museum Siwalima menyediakan jasa pemandu bagi siapa saja yang ingin dijelaskan seluruh isi museum secara rinci.<ref name=ambon/> Selain itu, para pengunjung juga dapat membuat [[permintaan]] khusus untuk menikmati sajian [[musik]] [[lokal]], [[pementasan tari]], dan [[demo]] pembuatan [[kain tenun]].<ref name=ambon/>