Meski persaingan ketat di tim [[Lazio]] yang dipenuhi striker berkualitas seperti [[Marcelo Salas]] dan [[Alen Bokšić]], kebijakan rotasi manajer [[Sven-Göran Eriksson]] memastikan bahwa Inzaghi akan mendapatkan waktu bermain;, dia tampil dalam 22 dari 34 pertandingan [[Serie A]] di musim 1999-2000 yang sangat sukses bagi Lazio dengan mencetak 7 gol, saat timnya menyelesaikan gelar Ganda domestik dengan memenangkan [[Serie A]] dan [[Coppa Italia]]. Di [[Liga Champions]], saat Lazio melaju dari babak grup pertama dan kedua untuk mencapai perempat final, Inzaghi mencetak 9 gol dalam 11 pertandingan (termasuk empat gol dalam satu pertandingan melawan [[Marseille]] pada 14 Maret 2000, menyamai rekor kompetisi yang dipegang oleh [[Marco van Basten]] sejak 1992).
