Pada 7 Februari 2006, ia divonis hukuman 5 tahun penjara oleh [[Pengadilan Negeri Jakarta Pusat]] karena dinyatakanmenanggung menyelewengkanjawabi terselewengkannya anggaran Badan Pengelola Ibadah Haji (BPIH) dan [[Dana Abadi Umat]] (DAU) padadari APBN Kementrian Agama Republik Indonesia sejak tahun 2002-2004. Penyelewengan/kelalaian BPIH Munawar mencapai Rp. 35,7 miliar, sedangkan DAU yang diselewengkanterselewengkan berjumlah Rp 240,22 miliar.<ref>{{id}} [http://kompas.com/kompas-cetak/0602/08/utama/2421450.htm "Divonis Lima Tahun, Said Agil Banding"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20060309143410/http://kompas.com/kompas-cetak/0602/08/utama/2421450.htm |date=2006-03-09 }}, ''[[KOMPAS]]'', 8 Februari 2006</ref>
