Selama tahun 2022 rangkaian KA Mutiara Timur yang sedang menganggur di [[Stasiun Yogyakarta]] sempat diperbantukan untuk pengoperasian [[Kereta api Joglosemarkerto|KA Joglosemarkerto]] arah [[Stasiun Cilacap|Cilacap]] ataupun [[Kereta api Bogowonto|KA Bogowonto]] rute [[Stasiun Lempuyangan|Lempuyangan]]-[[Stasiun Pasar Senen|Pasarsenen]] pp. Kemudian mulai akhir tahun tersebut, rangkaian KA Mutiara Timur digunakan untuk operasional [[Kereta api Blambangan Ekspres|KA Blambangan Ekspres]] rute [[Stasiun Ketapang (Banyuwangi)|Banyuwangi]]–[[Stasiun Semarang Tawang|Semarang]] pp sehingga mengakibatkan operasional kereta api Mutiara Timur sempat dihentikan untuk sementara waktu.
Setelah hampir dua tahun vakum, dalammulai rangka30 mendukungMaret angkutan2024, tambahankereta lebaranapi 2024,ini mulaikembali 30dioperasikan Maretselama berlangsungnya masa angkutan lebaran 2024. Pada awalnya, kereta api ini dijalankanhanya kembali denganterdapat layanan kelas ekonomi saja.Padadengan awalnya terdapatmenawarkan dua jenis kereta kelas ekonomi yang digunakan, yaitu kereta kelas ekonomi Kemenhub berisi 64 tempat duduk yang mendukung penumpang [[disabilitas]] dan kereta kelas ekonomi ''new generation'' modifikasi berisi 72 tempat duduk seperti yang digunakan pada layanan kelas ekonomi di [[kereta api Jayabaya]] dan [[Kereta api Gaya Baru Malam Selatan|Gaya Baru Malam Selatan]].<ref>{{cite news|url=https://www.antaranews.com/berita/4048905/daop-8-operasikan-new-generation-di-ka-mutiara-timur|title=Daop 8 operasikan "New Generation" di KA Mutiara Timur|last=Setiawan|first=Indra|agency=[[LKBN Antara]]|date=7 April 2024|location=[[Surabaya]]}}</ref>. Mengingat selama lebaran tersebut okupansi penumpangnya berangsur-angsur kembali membaikKemudian, maka mulai 23 April 2024, kereta api ini kembali ditambahkan kelas eksekutif. Rangkaian kereta api ini terdiri dari tiga kereta kelas eksekutif, empat kereta ekonomi ''new generation'' modifikasi, satu unit kereta makan, dan satu kereta pembangkit.
