Suryo Prabowo menikah di [[Medan]] dengan Sri Hariaty br Pelawi, pada 30 Maret 1986. Keduanya adalah putra dan putri dari Prajurit TNI AD. Dari pernikahannya tersebut mereka dikaruniai dua putra: Lettu Inf Petrus Paramayudo Prabowo (berdinas di [[Kopassus]]) yang lahir di Medan tahun 1988, dan Andreas Paramawidya Wisesa Prabowo yang dilahirkan di Ambon tahun 1992. Dikarenakan dilahirkan dari keluarga yang berasal dari Madura, Solo, dan lalu menikah dengan wanita [[BatakSuku Karo]], yang semuanya memiliki budaya dan agama yang spesifik, kemudian dikarenakan sepanjang hidupnya telah bertugas hampir diseluruh pelosok tanah air, maka Suryo Prabowo tumbuh menjadi sosok anak bangsa yang sangat mencintai pluralisme. Oleh karenanya itu disetiap kesempatan dia senantiasa menyampaikan harapannya, agar Bangsa Indonesia yang terdiri dari beragam suku bangsa dan agama, dapat hidup harmoni dalam keberagaman.<ref>http://www.tribunws.com/2012/04/26/suryo-prabowo-cintailah-perbedaan-karena-manusia-tak-samane{{Pranala mati|date=Mei 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> Sementara itu kecintaannya kepada anak-anak menjadikan Suryo Prabowo sering menganjurkan kepada para orang tua, untuk tidak memaksakan anak-anaknya mengikuti berbagai pendidikan formal dan non formal yang dipenuhi dengan banyak ancaman dan larangan, agar bisa menjadi seperti kehendak orang tua. Fenomena pendidikan seperti ini menjadikan generasi muda Indonesia kehilangan kreativitas positifnya. Bagaimanapun juga, menurutnya anak-anak memiliki masa depan sendiri yang sangat sulit dimengerti oleh orang tua.
