Perusahaan ini memulai sejarahnya pada [[11 Juli]] [[1918]] sebagai pabrik [[obat salep]] dan kasa pembalut di lingkungan ''Centrale Burgerlijke Ziekenhuis'' (kini [[RS Cipto Mangunkusumo]]). Pada tahun 1931, pabrik tersebut dipindah ke [[Kebon Manggis, Matraman, Jakarta Timur]], lalu mulai memproduksi tablet dan injeksi. PadaSelama masa [[pendudukan Jepang di Indonesia]], pabrik tersebut dikelola oleh [[Takeda Pharmaceutical Company]]. Setelah Indonesia merdeka, pada tahun 1950, pabrik tersebut diambil alih oleh [[Departemen Kesehatan]], dan diberi nama "Pusat Produksi Farmasi". Pabrik tersebut kemudian mulai memproduksi obat-obat esensial. Pada tanggal 11 Juli 1981, status Pusat Produksi Farmasi diubah menjadi [[perusahaan umum]] (Perum) dengan nama "'''Perum Indonesia Farma" (Indofarma)'''.<ref name="perum">{{Cite web|url=https://jdih.setkab.go.id/puu/buka_puu/2494/PP0201981.pdf|title=Peraturan Pemerintah nomor 20 tahun 1981|publisher=Sekretariat Kabinet Republik Indonesia|language=id|access-date=16 Desember 2021}}</ref> Pada tahun 1988, perusahaan ini mulai membangun pabrik baru di lahan seluas 200 hektar di [[Cibitung, Bekasi]], yang akhirnya mulai dioperasikan tiga tahun kemudian. Pada tahun 1996, pemerintah mengubah status perusahaan ini kembali diubah menjadi [[persero]].<ref name="persero">{{Cite web|url=https://jdih.setkab.go.id/puu/buka_puu/6314/PP0341995.pdf|title=Peraturan Pemerintah nomor 34 tahun 1995|publisher=Sekretariat Kabinet Republik Indonesia|language=id|access-date=16 Desember 2021}}</ref> Pada tahun 2000, perusahaan ini berekspansi ke bisnis distribusi dan perdagangan farmasi dengan mendirikan PT [[Indofarma Global Medika (IGM)]]. Pada tanggal 17bulan April 2001, perusahaan ini resmi melantai di [[Bursa Efek Jakarta]] dan [[Bursa Efek Surabaya]]. Pada tahun 2012, perusahaan ini mulai mengkomersialisasikanmengkomersialisasi unit usahanya yang memproduksi peralatan pabrik farmasi, yakni [[Indomach]]. Pada tahun 2013, melalui IGMIndofarma Global Medika, perusahaan ini mendirikan PT [[Farmalab Indoutama]] untuk berbisnis di bidang laboratorium
pengujian ekivalensi dan klinis. Pada tanggal 31bulan Januari 2020, pemerintah resmi menyerahkan mayoritas saham perusahaan ini ke [[Bio Farma]], sebagai bagian dari upaya untuk membentuk holding BUMN yang bergerak di bidang farmasi.<ref name="annual"/><ref name="profil">{{Cite web|url=https://indofarma.id/sejarah/|title=Sejarah Perusahaan|publisher=PT Indonesia Farma Tbk|language=id|access-date=17 Desember 2021}}</ref><ref name="holding">{{Cite news|url=https://m.wartaekonomi.co.id/berita270480/usai-terbentuk-holding-bumn-farmasi-berambisi-jadi-pemain-global|title=Usai Terbentuk, Holding BUMN Farmasi Berambisi Jadi Pemain Global|last=Ismoyo|date=6 Februari 2020|work=[[Warta Ekonomi]]|language=id|access-date=7 Juni 2020|archive-date=2020-06-10|archive-url=https://web.archive.org/web/20200610163506/https://m.wartaekonomi.co.id/berita270480/usai-terbentuk-holding-bumn-farmasi-berambisi-jadi-pemain-global|dead-url=yes|first=Bambang}}</ref>
