[[Berkas:Infografis GPI.jpg|jmpl|ka|250px|Bagan pemekaran GPI yang menghasilkan berbagai gereja mandiri di Indonesia, antara lain GPIBK.]]
GPIBK merupakan hasil dari pekabaran Injil yang dilakukan oleh [[Nederlandsch Zendeling Genootschap]] (BadanSerikat Pekabaran Injil Belanda) dan Nederlandsch Hervomde Kerk (Gereja Reformed Belanda) yang dimulai pada tahun 1892 di wilayah Banggai. Pada mulanya jemaat Kristen Protestan di Banggai Kepulauan dan Banggai Laut merupakan bagian dari Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST) sejak 18 Oktober 1947, kemudian dimekarkan menjadi [[Gereja Kristen di Luwuk Banggai]] (GKLB) pada 27 Januari 1966. Seiring berjalannya waktu, jemaat yang berasal dari Kabupaten Banggai Kepulauan dan Banggai Laut mengupayakan berdirinya sebuah sinode baru, yang terwujud dengan lahirnya GPIBK pada 3 Februari 2000 di Jemaat Efata Bulagi melalui Sidang Khusus II Sinode Gereja Kristen di Luwuk Banggai.<ref name=sitekno>{{Cite web |url=http://st291735.sitekno.com/page/37438/78-gpibk.html |title=Info GPIBK di situs PGI |access-date=2014-02-07 |archive-date=2014-02-22 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140222192217/http://st291735.sitekno.com/page/37438/78-gpibk.html |dead-url=yes }}</ref>
