Museum ini dibangun selama tiga sejak tahun 2012 hingga 2015 yang pada awalnya diperuntukkan sebagai unit pengelola kawasan Perkampungan Budaya Betawi.<ref>{{Cite web|last=Badai|first=Thoudy|date=2024-05-19|editor-last=Aidilla|editor-first=Tahta|title=Liburan Kunjungi Museum Betawi di Jagakarsa|url=https://republika.co.id/share/sdq9or491|website=Republika Online|language=id|access-date=2024-05-25}}</ref> Pada 30 Juli 2017, museum dibuka secara resmi dan dubukadibuka untuk kunjungan umum pada pelaksanaan [[Lebaran Betawi]] ke-11 yang dihadiri oleh [[Joko Widodo]].<ref>{{Cite web|last=Fauzi|first=Ahmad|date=12 Februari 2024|editor-last=Sasongko|editor-first=Agung|title=Jelajah Budaya Jakarta di Museum Betawi|url=https://republika.co.id/berita//s8qw50313/jelajah-budaya-jakarta-di-museum-betawi|website=Republika Online|access-date=2024-05-25}}</ref> Pada awal pembukaan, hanya ada satu ruangan yang tersedia dan memamerkan koleksi pinjaman dari beragam museum seperti, [[Museum Fatahillah]], [[Gedung Mohammad Hoesni Thamrin]], [[Museum Tekstil]], [[Museum Wayang]] dan [[Museum Bahari]].Kemudian, pada tahun 2018, ruang pamer diperluas menjadi dua lantai dengan Lantai 1 dan Lantai 3 bangunan dipergunakan sebagai museum, sedangkan Lantai 2 bangunan masih digunakan sebagai kantor. Pada akhirnya, seluruh bangunan dari lantai 1 sampai 2 difungsikan sepenuhnya secara ruangan pameran untuk museum pada tahun 2020.<ref>{{Cite web|title=Museum Betawi|url=https://10.24.26.63/museum/profile/museum+betawi|website=Sistem Registrasi Nasional Museum Kemdikbud|language=en|access-date=2024-05-25}}</ref> Pada tanggal 11 Januari 2022, Museum Betawi terdaftr secara resmi dan masuk ke dalam data yang disusun oleh Direktorat Pelindungan Kebudayaan, Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi.<ref>{{Cite web|last=Larasati|first=Citra|date=2023-02-14|title=Wisata Edukasi dan Budaya ke Museum Betawi Setu Babakan, Ini Koleksi-koleksinya|url=https://www.medcom.id/pendidikan/news-pendidikan/aNr0Wn2k-wisata-edukasi-dan-budaya-ke-museum-betawi-setu-babakan-ini-koleksi-koleksinya|website=medcom.id|language=id|access-date=2024-05-25}}</ref>
