Manaf menyatakan bahwa ketika lulus SMA, ia mendaftar untuk bergabung dengan [[Tentara Nasional Indonesia]], namun gagal dan malah pergi ke [[Malaysia]] untuk mendaftar sebagai pejuang GAM,[[Gerakan kaliAceh ini meninggalMerdeka|GAM]].<ref>{{cite web |title=Kisah Mualem Daftar TNI Sebelum Masuk GAM |url=http://acehnetwork.com/berita2/Kisah-Mualem-Daftar-TNI-Sebelum-Masuk-GAM-2422 |website=acehnetwork.com |accessdate=13 November 2018 |language=id}}</ref> Pada tahun 1986, Manaf berangkat ke [[Libya]], di mana ia menerima pelatihan tempur bersama anggota GAM lainnya. Di Libya, ia sempat menjadi pengawal pribadi [[Muammar Khadafi|Presiden Muammar Khadafi]]<ref>{{cite news |title=Mengenal Sisi Lain dari Mantan Panglima GAM, Muzakir Manaf |url=http://klikkabar.com/2016/05/17/mengenal-sisi-lain-mantan-panglima-gam-muzakir-manaf/ |accessdate=13 November 2018 |work=klikkabar.com |date=17 Mei 2016 |language=id}}</ref><ref name="syafei">{{cite news |title=Abdullah Syafei: "Kemerdekaan Aceh Telah Dekat" |url=https://www.liputan6.com/news/read/27814/abdullah-syafei-kemerdekaan-aceh-telah-dekat |accessdate=13 November 2018 |work=liputan6.com |date=25 Januari 2002 |language=id}}</ref>
Menyusul tewasnya Panglima GAM [[Abdullah Syafi'i]] pada tahun 2002 dalam pertempuran dengan prajurit [[Tentara Nasional Indonesia]], Muzakir Manaf ditunjuk menjadi Panglima Komando Pusat GAM.<ref name="syafei"/><ref>{{cite news |title=TNI Menyesalkan Pelantikan Panglima GAM Pidie |url=https://www.liputan6.com/news/read/48615/tni-menyesalkan-pelantikan-panglima-gam-pidie |accessdate=13 November 2018 |work=liputan6.com |date=27 Januari 2003 |language=id}}</ref>
Setelah perjanjian[[Perjanjian Helsinki]], Manaf keluarturun darigunung. persembunyiannyaIa dan tampil di hadapan publik untuk pertama kalinya, dan mulaikemudian menjabat sebagai ketua [[Komite Peralihan Aceh]].<ref>{{cite news |title=Mantan Panglima GAM Muzakir Manaf Keluar dari Persembunyian |url=https://news.detik.com/berita/508090/mantan-panglima-gam-muzakir-manaf-keluar-dari-persembunyian |accessdate=13 November 2018 |work=detikNews |date=28 Desember 2005 |language=id}}</ref> Kemudian, ia menjadi salah satu pendiri Partai Gerakan Aceh Mandiri (atau ''Partai GAM'', yang kemudian berganti nama menjadi [[Partai Aceh]] menyusul keluhan dari pemerintah pusat) dan menjadi ketua pertamanya.<ref>{{cite news |last1=Juli |first1=Muhajir |title=Partai GAM, Cikal-Bakal Partai Aceh |url=https://www.acehtrend.com/2017/07/19/partai-gam-cikal-bakal-partai-aceh/ |accessdate=13 November 2018 |work=acehtrend.com |date=19 Juli 2017 |language=id}}</ref>
