''Amnesty International'' mendokumentasikan penggunaan penangkapan sewenang-wenang, penahanan di luar legalitas, eksekusi, perkosaan dan pembumi-hangusan sebagai karakter operasi militer Indonesia terhadap GAM sejak tahun 1990. Di antara tindakan yang lebih mengerikan diamati oleh ''Amnesty International'' adalah pembuangan publik mayat-mayat korban eksekusi (atau ''[[Penembakan Misterius]]'') yang dilakukan sebagai peringatan untuk orang Aceh untuk menahan diri dari bergabung atau mendukung GAM. Berikut ini adalah deskripsi tindakan tersebut oleh ''Amnesty International'':
:<blockquote>"Penembakan misterius" (''Petrus'') di Aceh memiliki fitur umum sebagai berikut. Mayat-mayat korban biasanya dibiarkan di tempat umum - di samping jalan utama, di ladang dan perkebunan, sungai atau tepi sungai - tampaknya sebagai peringatan kepada orang lain untuk tidak bergabung atau mendukung pemberontak. Sebagian besar jelas adalah tahanan ketika mereka dibunuh, jempol mereka, dan kadang-kadang kaki mereka, diikat dengan jenis simpul tertentu. Sebagian besar telah ditembak dari jarak dekat, meskipun peluru jarang ditemukan di tubuh mereka. Kebanyakan juga menunjukkan tanda-tanda telah dipukuli dengan benda tumpul atau disiksa, dan karena itu wajah mereka sering tidak bisa dikenali. Dalam banyak kasus, mayat-mayat tersebut tidak diambil oleh kerabat atau teman, baik karena takut pembalasan oleh militer, dan karena korban biasanya dibuang agak jauh dari desa asal mereka.<ref name=AI_1993/></blockquote>
Taktik TNI lain yang dipertanyakan adalah aktivitas yang disebut "operasi sipil-militer" di mana warga sipil dipaksa untuk berpartisipasi dalam intelijen dan operasi keamanan. Sebuah contoh terkenal dari hal ini adalah ''[[Operasi Pagar Betis]]'' seperti yang dijelaskan oleh ''Amnesty International'' berikut:
: .<blockquote>...Strategi kerjasama sipil-militer adalah "Operasi Pagar Betis" - digunakan sebelumnya di [[Timor Timur]] - di mana penduduk desa biasa dipaksa menyapu melalui daerah tertentu di depan pasukan bersenjata, baik dalam rangka untuk menghalau pemberontak dan juga untuk menghambat mereka untuk membalas tembakan. Elemen penting dalam keberhasilan operasi ini adalah kelompok-kelompok lokal yang "main hakim sendiri" dan patroli malam yang terdiri dari warga sipil, tetapi dibentuk di bawah perintah dan pengawasan militer. Antara 20 dan 30 pemuda dimobilisasi dari setiap desa di daerah yang dicurigai daerah pemberontak. Dalam kata-kata seorang komandan militer setempat: "Para pemuda adalah garis depan. Mereka adalah yang terbaik dalam mengetahui siapa adalah anggota GPK. Kami kemudian menyelesaikan masalah tersebut." Menolak untuk berpartisipasi dalam kelompok-kelompok tersebut atau kegagalan untuk menunjukkan komitmen yang cukup untuk menghancurkan musuh dengan mengidentifikasi, menangkap atau membunuh terduga pemberontak kadang-kadang mengakibatkan hukuman oleh pasukan pemerintah, termasuk penyiksaan umum, penangkapan dan eksekusi.<ref name=AI_1993/></blockquote>
