Lembaga ini memulai sejarahnya pada tahun 1967 dengan nama '''KoordinatorKoordinasi Perguruan Tinggi''' (Koperti) yang bertugas memberi saran kepada aparatur Departemen Pendidikan dan Kebudayaan di daerah mengenai pengelolaan [[perguruan tinggi]]. Pada tahun 1975, nama Koperti diubah menjadi '''KoordinatorKoordinasi Perguruan Tinggi Swasta''' (Kopertis) dengan lingkup tugasnya juga diubah menjadi terbatas pada pengelolaan [[perguruan tinggi swasta]]. Pada tahun 2018, nama Kopertis diubah menjadi seperti sekarang.<ref name="sejarah">{{Cite web|title=Sejarah|url=https://lldikti1.kemdikbud.go.id/modul_web/apps/sejarah|publisher=LLDIKTI Wilayah I Sumatera Utara|language=id|access-date=1 Agustus 2024}}</ref>
