[[File:Charles II (de Champaigne).jpg|thumb|upright=0.7|{{center|Charles II, sekitar tahun 1653}}]]
Begitu kabar kekalahan pasukan Skotlandia sampai ke Edinburgh, masyarakat menjadi panik lalu berbondong-bondong mengungsi meninggalkan kota itu, tetapi Leslie mengumpulkan sisa pasukannya, lantas mendirikan tanggul pertahanan baru di [[titik sempit|laluan sempit]] [[Stirling]] yang strategis. Serombongan besar elit pemerintahan, agamawan, dan kaum saudagar datang bergabung dengan pasukan Leslie di Stirling.{{sfn|Woolrych|2002|p=487}} [[Mayor jenderal (Britania Raya)|Mayor Jenderal]] [[John Lambert (jenderal)|John Lambert]] ditugaskan merebut Edinburgh, dan kota itu akhirnya jatuh ke tangan Inggris pada tanggal 7 September, sementara Cromwell bergerak merebut bandar Leith karena memiliki prasarana yang lebih baik daripada Dunbar untuk dipakai mendaratkan perbekalan dan bala bantuan. Lantaran tidak dikawal pasukan Leslie, dua kota itu dapat direbut tanpa susah payah.{{sfn|Woolrych|2002|p=487}} Cromwell berusaha meyakinkan warga kota Edinburgh bahwa mereka bukanlah pihak yang ia perangi; ia berjanji tidak akan menjarah harta benda mereka, dan mengizinkan mereka untuk bebas bepergian, berjual beli di pasar, dan beribadat seperti biasa, meskipun ibadat jarang sekali diselenggarakan lantaran sebagian besar rohaniwan sudah mengungsi ke Stirling.<!-- HeIa alsojuga tookmengupayakan stepspengadaan tobahan securemakanan foodbagi for the cityEdinburgh, whichyang bysampai thisdengan pointsaat wasmengalami shortketerbatasan onbahan suppliespangan.{{sfn|Woolrych|2002|pp=487–488}} [[EdinburghPuri CastleEdinburgh]] heldbertahan outsampai untildengan Decemberbulan Desember,{{sfn|Furgol|2002|p=69}} buttetapi sinceselepas itbulan wasDesember cutsudah offterputus fromdari reinforcementjalur andpasokan suppliesperbekalan andmaupun offeredpengiriman nobala threat,bantuan sehingga tidak lagi menjadi ancaman. Cromwell didtidak notmenyerbu assaultPuri itEdinburgh, anddan treatedmalah itsbersikap commandersantun withterhadap courtesykepala pasukannya.{{sfn|Woolrych|2002|p=487}} Austin Woolrych describedmenyifatkan theperilaku behaviourpasukan ofpendudukan thesebagai occupying"suri troops as "exemplaryteladan", anddan observedmengungkap thatfakta afterbahwa atidak shortlama timekemudian manybanyak fugitivespengungsi returnedkembali toke the cityEdinburgh, and its economicdan lifekehidupan returnedekomoninya tokembali somethingberjalan akinnyaris toseperti normalitysediakala.{{sfn|Woolrych|2002|p=488}}
Kekalahan di Dunbar sangat merusak reputasi maupun kewibawaan Leslie. Ia berusaha mundur dari jabatannya selaku panglima angkatan perang Skotlandia, tetapi tidak diizinkan pemerintah Skotlandia lantaran belum ada pengganti yang layak.{{sfn|Woolrych|2002|p=488}} Beberapa perwira menolak menjalankanmematuhi perintahnya, lantardan meninggalkan pasukan Leslie untuk bergabung dengan angkatan perang baru yang dibentuk [[Serikat Barat (Skotlandia)|Serikat Barat]].{{sfn|Woolrych|2002|p=488}} Perkembangan situasi tersebutseperti membuatini memperlebar keretakan yang sudah timbul di dalam tubuh pemerintah Skotlandia menjadi semakin lebar. Pihak yang lebih berpikiran praktis menyalahkan kebijakan pembersihan sebagai biang keladi kekalahan Leslie, dan berikhtiar mengajak golongan Pemufakat untuk kembali menyatukan barisan; sementara pihak yang lebih berpikiran dogmatis merasa ditinggalkan Tuhan lantaran belum bersungguh-sungguh menjalankan kebijakan pembersihan, dan beranggapan bahwa Skotlandia menaruh terlalu berharap kepada seorang penguasa duniawi yang tidak cukup bersungguh-sungguh memperjuangkan cita-cita luhur Perjanjian.{{sfn|Furgol|2002|pp=67–69}} Anasir-anasir yang lebih radikal ini menerbitkan divisivemengajukan [[WesternRemonstransi RemonstranceBarat]], whichyang castigatedbersifat thememecah-belah, governmentmengecam forkeras itspemerintah failurelantaran togagal properlymembersihkan purgeangkatan theperang armydengan sebaik-baiknya, anddan furthersemakin widenedmemperlebar thekeretakan riftsyang betweentimbul thedi Scotstengah-tengah bangsa Skotlandia.{{sfn|Woolrych|2002|p=490}} TheGolongan Remonstrants,yang askemudian thishari groupdikenal becamedengan known,sebutan tookKaum commandRemonstrans ofini thememegang Westerntampuk Associationkomando army,angkatan andperang attemptedSerikat toBarat, negotiatedan withmengupayakan perundingan dengan Cromwell, urgingmendesaknya himuntuk tobertolak departmeninggalkan ScotlandSkotlandia anddan leavemembiarkan themmereka inmengambil controlalih; Cromwell rejectedmenolak theirusulan advancesmereka anddan comprehensivelymenumpas destroyedtuntas theirangkatan armyperang atmereka thedalam [[Pertempuran Hieton]] (tidak jauh dari pusat kota [[Hamilton, South Lanarkshire|Hamilton]] modern) pada tanggal 1 Desember.{{sfn|Furgol|2002|p=69}}{{sfn|Woolrych|2002|p=491}} -->
=== Pertempuran Inverkeithing ===
|