Francisca dilahirkan di [[Noelmina, Takari, Kupang|Noelmina]], [[Takari, Kupang|Takari]], [[Kabupaten Kupang|Kupang]], [[Timor Barat]], sebagai anak ke-4 dengan Ibu bernama Magda Maël dari [[Timor Timur]] dan ayahnya bernama Gottlieb Fanggidaej berasal dari [[Pulau Rote]] yang bekerja di ''Burgerlijke Openware Werken'' (BOW) atau sekarang dikenal sebagai [[Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Republik Indonesia|Dinas Pekerjaan Umum]] (DPU), pemerintahan [[Hindia Belanda]] dengan posisi ''hoofdopzichter'' atau kepala pengawas (setara dengan pejabat eselon 3 untuk zaman sekarang) dan bekerja di bagian bendungan dan irigasi. Karena kedudukannya yang tinggi tersebut, maka keluarganya termasuk golongan "Belanda Hitam" dan berada pada posisi "''gelijkgesteld''" yang berarti mereka adalah golongan masyarakat yang dipersamakan dengan [[Belanda]]/[[Eropa]]. Hal ini karena mereka secara lahirnya bukan bangsa [[Belanda]] (nonpribumi), tapi dimasukkan di dalam golongan masyarakat Belanda dan dibawah kewenangan hukum Belanda. Kakek Francisca, turut serta menerjemahkan edisi pertama [[Kitab Injil]] berbahasa [[Bahasa Melayu|Melayu]], tepatnya Injil Protestan.{{Sfn|Setiawan|2006|p=13 - 22}}
Ayahnya mendapatkan pendidikan sekolah pangreh-praja, ''[[Opleiding School Voor Inlandsche Ambtenaren]]'' (OSVIA), yang tidak diselesaikannya karena dikeluarkan ketika turut aksi pernyataan ketidakpuasan para mahasiswa Indonesia terhadap pemerintahan Hindia Belanda.{{Sfn|Setiawan|2006|p=13 - 22}}
