Akibat sengitnya perdebatan antara dirinya dengan pemerintah setempat (Pemerintah Kota Yogyakarta), Ia bahkan sempat melakukan mogok makan pada tahun 1986 (yang kemungkinan terinspirasi oleh tindakan mogok makan aktivis [[Irlandia Utara]] Bobby Sands).<ref name=":1" /><ref>{{Cite web|last=Administrator|date=1986-04-19|title=Protes dari pinggir kali|url=https://majalah.tempo.co/read/lingkungan/34924/protes-dari-pinggir-kali|website=Tempo|language=id-ID|access-date=2023-07-05}}</ref>
Cara Romo Mangun mendampingi warga pinggiran Kali Code saat itu terbilang cukup unik dan berbeda dengan pendekatan yang dilakukan oleh beberapa orang saat itu bahkan oleh pihak Gereja Katolik sendiri. Salah satu pendekatannya adalah nasehat kepada anak-anak penghuni pinggiran kali Code yang kebanyakan berasal dari "dunia hitammalam" ([[pelacuran]]) sebagai berikut “''Oleh wae ibumu lonte, tapi kowe ora oleh dadi lonte.''” Boleh saja ibumu seorang pelacur, tetapi kamu tidak boleh jadi pelacur juga”. Bahkan, di kawasan Kali Code Romo Mangun membangun sebuah masjid, bukan gereja yang merupakan binaan Pastoran Katolik, yang bernama Masjid Kalimosodo.<ref>{{Cite web|last=Yudhapratama|first=Ageng|date=2020-11-21|title=Romo Mangun Tidak Mengkristenkan Kampung Code|url=https://www.katolikana.com/2020/10/21/romo-mangun-tidak-mengkristenkan-kampung-code/|website=KATOLIKANA|language=id-ID|access-date=2023-07-04}}</ref> Selain itu, di dalam memberdayakan masyarakat pinggiran kali Code, Ia juga mengadakan beberapa pelatihan seperti menjahit, berkebun, serta pelatihan lainnya yang dianggap memiliki nilai produksi yang tinggi. Selain itu, selama berkunjung ke setiap rumah warga pinggiran Kali Code untuk memperhatikan warga, Ia mengajarkan untuk tidak membuang makanan karena menganggap sebagai salah satu tindakan tidak bersyukur. Selain itu, Ia juga merancang rumah warga pinggiran Kali Code untuk dihadapkan ke kali karena jika setiap kali warga menghadapkan diri ke kali dan berada dalam keadaan kotor maka warga yang memandang akan merasa perlu untuk selalu membersihkan kali karena menganggap sebagai halaman rumah mereka.<ref name=":1" />
