Kelompok usia di bawah 16 tahun adalah level paling bawah yang diperkenalkan pada tahun 2018.<ref name="satu" />
Kelompok usia di bawah 16 tahun adalah level paling bawah atau pertama yang diperkenalkan untuk ''Elite Pro Academy'' pada tahun 2018.<ref name="satu"/> Liga ini disponsori oleh [[Super Soccer|Super Soccer TV]] dan dengan demikian secara resmi dikenal sebagai '''Super Soccer TV Elite Pro Academy'''.<ref name="sponsor1">{{cite web |title=PSSI on Instagram: “Inilah klasemen Grup X dan Grup Y Babak 8 Besar Super Soccer TV Elite Pro Academy Liga 1 U16 2018. Hari ini sekaligus menjadi hari laga…” |url=https://www.instagram.com/p/Bq9ERTxgpAM/ |website=Instagram |language=en}}</ref>
Liga U-16 ini dibagi menjadi tiga tahap, babak grup dan babak gugur. Untuk babak pertama pada penyisihan grup, 18 tim dibagi menjadi tiga grup yang masing-masing terdiri dari enam tim. Grup A dan B bermain dengan turnamen sistem round-robin di kandang dan tandang sementara Grup C memainkan turnamen empat seri di kandang dengan lima pertandingan untuk setiap seri. Juara dan runner-up dari masing-masing grup bersama dengan dua tim urutan ketiga terbaik maju ke babak kedua. Di babak kedua, dibagi menjadi dua grup yang terdiri dari empat tim dan juara dan runner-up dari masing-masing grup maju ke babak gugur.<ref>{{cite web |title=Elite Pro Academy Liga 1 U-16 Kick Off 19 April |url=https://www.pssi.org/news/elite-pro-academy-liga-1-u-16-kick-off-19-april |website=PSSI - Football Association of Indonesia |accessdate=16 April 2019 |language=id-ID}}</ref>
