Hubner lahir dari pasangan Ferdinan Patrick Rudolf Hubner dan Brigitte Prophitus.<ref>{{Cite web|url=https://sportbola.detikkompas.com/sepakbolaread/liga-indonesia2023/d-636779712/07/06531078/darah-indonesiaprofil-justin-hubner-calondarah-pemainindonesia-timnasdi-yangpremier-main-di-wolves/league|title=Indonesian bloodProfil Justin Hubner, ProspectiveDarah NationalIndonesia Team Player who Playsdi atPremier WolvesLeague|website=Sportbola.detikkompas.com}}</ref> Ayahnya adalah seorang keturunan Indonesia, dengan keluarga di [[Makassar]],<ref>{{Cite web|url=https://sulsel.idntimes.com/sport/soccer/amp/ahmad-hidayat-alsair/profil-bek-timnas-justin-hubner-kakeknya-lahir-di-kota-makassar|title= Profil Bek Timnas Justin Hubner, Kakeknya Lahir di Kota Makassar|website=sulselidntimes.com}}</ref> sementara ibunya berkebangsaan Belanda. Pada 3 November 2023, [[Erick Thohir]], Presiden [[Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia|PSSI]], mengatakan kepada pers bahwa Hubner akan dinaturalisasi menjadi warga negara Indonesia sesegera mungkin.<ref>{{cite web|url=https://www.pssi.org/news/kejutan-dari-erick-thohir-justin-hubner-segera-dinaturalisasi|title=Kejutan dari Erick Thohir: Justin Hubner Segera Dinaturalisasi|language=id|date=3 November 2023|access-date=3 November 2023|website=pssi.org}}</ref>
Pada 6 Desember 2023, Hubner resmi memperoleh kewarganegaraan Indonesia.<ref>{{Cite web|date=6 Desember 2023|title=Justin Hubner Resmi Jadi WNI, Siap Bela Timnas Indonesia|url=https://www.cnnindonesia.com/olahraga/20231206095825-142-1033476/justin-hubner-resmi-jadi-wni-siap-bela-timnas-indonesia|website=cnnindonesia.com|access-date=6 Desember 2023}}</ref>
