Hubner lahir dari pasangan Ferdinan Patrick Rudolf Hubner dan Brigitte Prophitus.<ref>{{Cite web|url=https://bolasport.kompasdetik.com/readsepakbola/2023liga-indonesia/12d-6367797/07/06531078/profildarah-indonesia-justin-hubner-darahcalon-indonesiapemain-ditimnas-premieryang-leaguemain-di-wolves/|title=ProfilIndonesian blood Justin Hubner, DarahProspective IndonesiaNational diTeam PremierPlayer Leaguewho Plays at Wolves|website=bolaSport.kompasdetik.com}}</ref> Ayahnya adalah seorang keturunan Indonesia, dengan keluarga di [[Makassar]],<ref>{{Cite web|url=https://sulseljambi.idntimestribunnews.com/sportamp/soccer2022/amp10/ahmad-hidayat-alsair24/profil-bekdan-timnasbiodata-justin-hubner-kakeknyabek-lahirwolves-dimakassar-kotabandung-makassarcalon-pemain-timnas-indonesia-u20|title= ProfilProfile Bekand TimnasBiodata of Justin Hubner, KakeknyaWolves LahirMakassar-Bandung diDefender KotaProspective MakassarU20 Indonesian National Team Player|website=sulselidntimesJambi.tribunnews.com}}</ref> sementara ibunya berkebangsaan Belanda. Pada 3 November 2023, [[Erick Thohir]], Presiden [[Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia|PSSI]], mengatakan kepada pers bahwa Hubner akan dinaturalisasi menjadi warga negara Indonesia sesegera mungkin.<ref>{{cite web|url=https://www.pssi.org/news/kejutan-dari-erick-thohir-justin-hubner-segera-dinaturalisasi|title=Kejutan dari Erick Thohir: Justin Hubner Segera Dinaturalisasi|language=id|date=3 November 2023|access-date=3 November 2023|website=pssi.org}}</ref>
Pada 6 Desember 2023, Hubner resmi memperoleh kewarganegaraan Indonesia.<ref>{{Cite web|date=6 Desember 2023|title=Justin Hubner Resmi Jadi WNI, Siap Bela Timnas Indonesia|url=https://www.cnnindonesia.com/olahraga/20231206095825-142-1033476/justin-hubner-resmi-jadi-wni-siap-bela-timnas-indonesia|website=cnnindonesia.com|access-date=6 Desember 2023}}</ref>
