Setelah Mualem menyatakan bahwa ketika lulus SMA, ia mendaftarpernah untukkuliah di bergabungFakultas denganHukum [[TentaraUniversitas NasionalSyiah IndonesiaKuala]],namunsebelum gagalkemudian danmemilih malah pergi ke [[Malaysia]] untuk mendaftar sebagaimenjadi pejuang [[Gerakan Aceh Merdeka|GAM]].<ref>{{citeCite web|last=Acehtimes|date=2024-11-22|title=KisahIrwandi MualemYusuf Daftar: TNISiapa SebelumBilang MasukMualem GAMTidak Sekolah?|url=httphttps://acehnetworkwww.comacehtimes.co.id/berita2/Kisahirwandi-Mualemyusuf-Daftarsiapa-TNIbilang-Sebelummualem-Masuktidak-GAM-2422 sekolah/|website=acehnetwork.com Acehtimes|accessdatelanguage=13 November 2018 id|languageaccess-date=id2024-11-22}}</ref> Pada tahun 1986, Mualem berangkat ke [[Libya]], di mana ia menerima pelatihan tempur bersama anggota GAM lainnya. Di Libya, ia sempat menjadi pengawal pribadi [[Muammar Khadafi]].<ref>{{cite news |title=Mengenal Sisi Lain dari Mantan Panglima GAM, Muzakir Manaf |url=http://klikkabar.com/2016/05/17/mengenal-sisi-lain-mantan-panglima-gam-muzakir-manaf/ |accessdate=13 November 2018 |work=klikkabar.com |date=17 Mei 2016 |language=id}}</ref><ref name="syafei">{{cite news |title=Abdullah Syafei: "Kemerdekaan Aceh Telah Dekat" |url=https://www.liputan6.com/news/read/27814/abdullah-syafei-kemerdekaan-aceh-telah-dekat |accessdate=13 November 2018 |work=liputan6.com |date=25 Januari 2002 |language=id}}</ref>
Menyusul tewasnya Panglima GAM [[Abdullah Syafi'i]] pada tahun 2002 dalam pertempuran dengan prajurit [[Tentara Nasional Indonesia]], Muzakir Manaf ditunjuk menjadi Panglima Komando Pusat GAM.<ref name="syafei"/><ref>{{cite news |title=TNI Menyesalkan Pelantikan Panglima GAM Pidie |url=https://www.liputan6.com/news/read/48615/tni-menyesalkan-pelantikan-panglima-gam-pidie |accessdate=13 November 2018 |work=liputan6.com |date=27 Januari 2003 |language=id}}</ref>
