== Kejatuhan Soeharto ==
{{Main|Kejatuhan Soeharto}}
=== PenculikanTim aktivisMawar ===
Antara tahun 1997 dan 1998, anggota Kopassus dari Tim Mawar (Tim Mawar) bertanggung jawab atas [[penculikan aktivis tahun 1997–98 di Indonesia|penculikan aktivis pro-demokrasi]] terhadap sedikitnya 22 orang yang sebagian besar berada di Jakarta.<ref name="JP2020">{{cite news |last1=Nurbaiti |first1=Alya |title=Former Tim Mawar members appointed to Prabowo's office |url=https://www.thejakartapost.com/news/2020/09/25/former-tim-mawar-members-appointed-to-prabowos-office.html |access-date=19 Februari 2021 |work=The Jakarta Post |date=26 September 2020}}</ref> Sembilan aktivis dibebaskan dan 13 lainnya masih hilang.<ref name="JP2020"/><ref>{{cite news |title=Jakarta probes missing activists |url=http://news.bbc.co.uk/2/hi/asia-pacific/4605931.stm |access-date=19 Februari 2021 |work=BBC |date=3 Juni 2005}}</ref> Pada tahun 1999, 11 anggota Tim Mawar dinyatakan bersalah oleh pengadilan militer.<ref name="JP2020"/> Namun, mereka mengajukan banding atas putusan tersebut ke Mahkamah Agung, yang tidak dipublikasikan dan baru terungkap pada tahun 2007, dan tidak pernah dipenjara dan semua kecuali satu orang tetap berada di militer.<ref name="JP2020"/><ref name="HRW2018"/><ref>{{cite news |last1=Scarpello |first1=Fabio |title=Activists outraged at promotion of disgraced Indonesian soldiers |url=https://www.scmp.com/article/594176/activists-outraged-promotion-disgraced-indonesian-soldiers |date=24 Mei 2007|access-date=19 Februari 2021 |work=South China Morning Post|url-access=subscription}}</ref> Pada bulan September 2020, Menteri Pertahanan [[Prabowo Subianto]] menunjuk dua perwira Tim Mawar, dua orang yang menjabat [[Brigadir Jenderal]], ke posisi senior di [[Kementerian Pertahanan (Indonesia)|Kementerian Pertahanan]] setelahnya persetujuan oleh Presiden [[Joko Widodo]].<ref name="HRW2018"/> [[Amnesty International]] mengkritik penunjukan tersebut karena Presiden dan [[Dewan Perwakilan Rakyat|DPR]] telah berjanji untuk menyelidiki kasus-kasus aktivis yang hilang dan malah menempatkan tersangka pada posisi yang berkuasa<ref name="JP2020"/><ref>{{cite news |title=Amnesty International Slams Decision to Appoint Former 'Tim Mawar' Into Govt |url=https://en.tempo.co/read/1390203/amnesty-international-slams-decision-to-appoint-former-tim-mawar-into-govt |access-date=19 Februari 2021 |work=Tempo |date=25 September 2020}}</ref> dan tak lama setelah Prabowo dilantik sebagai presiden, dua lagi anggota Tim Mawar menjadi kepala Badan Siber dan Sandi Negara (Badan Siber dan Sandi Negara) dan Sekretariat Utama [[Badan Intelijen Negara (Indonesia)|Badan Intelijen Negara]].<ref>https://www.tempo.co/politik/tim-mawar-kopassus-prabowo-mutasi-tni-1180748</ref>
{{main|Penculikan aktivis 1997/1998}}
Pada tahun [[1997]], Prabowo diduga kuat mendalangi [[Penculikan aktivis 1997/1998|penculikan dan penghilangan paksa terhadap sejumlah aktivis]] pro-Reformasi.<ref>{{id}} {{Cite news|first =Agus
|last =Supriyanto
|url =http://www.tempo.co/read/news/2005/06/03/05562010/Prabowo-dan-Sjafrie-Tak-Penuhi-Panggilan-Komnas-HAM
|title =Prabowo dan Sjafrie Tak Penuhi Panggilan Komnas HAM
|publisher =tempointeraktif
|date =3 juni 2005
|accessdate =7 oktober 2008
|archiveurl =https://www.webcitation.org/6OvVE8HKc?url=http://www.tempo.co/read/news/2005/06/03/05562010/Prabowo-dan-Sjafrie-Tak-Penuhi-Panggilan-Komnas-HAM
|archivedate =2014-04-18
|deadurl =no
|language =id
|work =[[Tempo.co]]
}}</ref> Setidaknya 14 orang,<ref>{{cite news
|quote =''Prabowo, 46, who attended the advanced officers training course at Ft. Bragg, N.C., in 1980 and wanted Wiranto's job as defense chief, was widely believed to be behind some of Indonesia's most flagrant human rights abuses. Among them are the disappearances of 14 student activists--five remain unaccounted for--and the supplying of provocateurs to encourage riots against ethnic Chinese merchants''
|last =Lamb
|first =David
|url =http://articles.latimes.com/1998/may/24/news/mn-53152
|title =Gen. Wiranto: From Brink of a Sacking to Strongman
|publisher =Los Angeles Times
|date =24 Mei 1998
|accessdate =17 April 2014
|archive-date =2014-04-18
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140418234324/http://articles.latimes.com/1998/may/24/news/mn-53152
|dead-url =no
}}</ref> termasuk seniman 'Teater Rakyat' [[Widji Thukul]], aktivis [[Herman Hendrawan]], dan [[Petrus Bima]] masih hilang dan belum ditemukan hingga sekarang.<ref>{{cite journal
|quote =''(...) but until 2004 there are still 14 people missing. They are Suyat, Yani afri, Sonny, M.Yusuf, Noval Alkatiri, Dedy Hamdun, Ismail, Bimo Petrus, Abdun Naser, Hendra Hambali, Ucok Siahaan, Yadin Muhidin and Wiji Thukul''
|url =https://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|title =Progress Case Activists kidnapping in 1998
|publisher =Kontras
|accessdate =17 April 2014
|journal =
|archive-date =2014-01-03
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140103022027/http://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|dead-url =yes
}}</ref> Mereka diyakini sudah meninggal.<ref>{{Cite news
|last =Asydhad
|first =Arifin
|url =http://news.detik.com/read/2005/06/14/141226/381051/10/14-korban-penculikan-1997-1998-diyakini-sudah-meninggal
|title =14 Korban Penculikan 1997-1998 Diyakini Sudah Meninggal
|publisher =Detik
|date =14 Juni 2005
|accessdate =17 April 2014
|work =[[Detik.com|detikcom]]
|archive-date =2013-11-13
|archive-url =https://web.archive.org/web/20131113091116/http://news.detik.com/read/2005/06/14/141226/381051/10/14-korban-penculikan-1997-1998-diyakini-sudah-meninggal
|dead-url =no
}}</ref> Prabowo sendiri mengakui memerintahkan [[Tim Mawar]] untuk mengeksekusi operasi tersebut karena menurutnya hal tersebut merupakan hal yang benar menurut rezim saat itu.<ref>{{Cite news|url = http://www.tempo.co/read/news/2013/10/28/078525274/Penculikan-Aktivis-Prabowo-Saya-Tidak-Ngumpet|archiveurl = https://www.webcitation.org/6OMZDajVy?url=http://www.tempo.co/read/news/2013/10/28/078525274/Penculikan-Aktivis-Prabowo-Saya-Tidak-Ngumpet|title = Penculikan Aktivis, Prabowo: Saya Tidak Ngumpet|date = 28 Oktober 2013|archivedate = 2014-03-26|accessdate = 26 Maret 2014|deadurl = no|language = id|work = [[Tempo.co]]}}</ref><ref>{{cite journal
|quote =''TNI Prabowo Subianto admitted that he gave an order to kidnap and he also admitted mistake in analyzing an order under the operational control and is willing to take responsibility.''
|url =https://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|title =Progress Case Activists kidnapping in 1998
|publisher =Kontras
|accessdate =17 April 2014
|journal =
|archive-date =2014-01-03
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140103022027/http://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|dead-url =yes
}}</ref> Prabowo hanya mengakui menculik 9 orang aktivis pada saat itu, yang semuanya telah ia kembalikan dalam keadaan hidup. Sementara 13 orang sisanya, ia tidak tahu-menahu. Pernyataan ini dikuatkan oleh Pius Lustrilanang, yang mengaku telah dimintai maaf oleh Prabowo dan kini menjadi anggota DPR dari Partai Gerindra.<ref>[http://www.tempo.co/read/news/2013/10/28/078525234/Pernah-Diculik-Pius-Prabowo-Tak-Bersalah ''Pernah Diculik Pius, Prabowo Tak Bersalah''.] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20131104015243/http://www.tempo.co/read/news/2013/10/28/078525234/Pernah-Diculik-Pius-Prabowo-Tak-Bersalah |date=2013-11-04 }} Diakses dari situs berita Tempo pada 3 Mei 2014</ref>
Sementara saat mengumumkan pembebastugasan Prabowo, [[Jenderal TNI]] [[Wiranto]] menyatakan bahwa Prabowo dapat diadili karena adanya bukti keterlibatan Prabowo dalam kasus penculikan aktivis ini.<ref>{{cite news
|last =Mydans
|first =Seth
|url =http://www.nytimes.com/1998/08/25/world/suharto-s-son-in-law-a-much-feared-general-is-ousted.html
|title =Suharto's Son-in-Law, a Much-Feared General, Is Ousted
|publisher =New York Times
|date =25 Agustus 1998
|accessdate =17 April 2014
|quote =''In announcing General Prabowo's discharge, the armed forces chief, Gen. Wiranto, said General Prabowo, 47, could face a court-martial as more evidence emerges about the abduction of more than two dozen dissidents earlier this year. At least 14 are missing and feared dead.''
|archive-date =2014-04-23
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140423002854/http://www.nytimes.com/1998/08/25/world/suharto-s-son-in-law-a-much-feared-general-is-ousted.html
|dead-url =no
}}</ref> Namun, Prabowo masih belum diadili atas kasus tersebut hingga sekarang walau anggota [[Tim Mawar]] sudah dijebloskan ke penjara.<ref>{{Cite news|last =Fadillah
|first =Ramadhian
|url =http://news.detik.com/read/2011/11/14/111757/1766824/159/3/jenderal-08-tak-kapok-dipecundangi
|title =Jenderal 08 Tak Kapok Dipecundangi
|publisher =Detik
|date =14 November 2011
|accessdate =17 April 2014
|archive-date =2014-03-25
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140325035943/http://news.detik.com/read/2011/11/14/111757/1766824/159/3/jenderal-08-tak-kapok-dipecundangi
|dead-url =yes
|work =[[Detik.com|detikcom]]
}}</ref><ref>{{cite journal
|quote =''Late 1998, a military court was held to prosecute 11 members of Kopasus (Mawar Team) who admitted the crime out of their own conscience. This team admitted of kidnapping 9 activits but was unable to reveal the whereabouts of the other 14 victims. The team also denied of torturing the victims. The defendants were sentence 15 to 26 months of imprisonment and release from TNI.''
|url =https://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|title =Progress Case Activists kidnapping in 1998
|publisher =Kontras
|accessdate =17 April 2014
|journal =
|archive-date =2014-01-03
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140103022027/http://www.kontras.org/data/Progress%20Case%20Activists%20kidnapping%20in%201998.pdf
|dead-url =yes
}}</ref> Sementara itu, Prabowo dan koleganya, Sjafrie Syamsuddin, tidak pernah memenuhi Panggilan [[Komnas HAM]] yang berusaha untuk mengusut kasus tersebut.<ref>{{id}} {{cite news
|first =Agus
|last =Supriyanto
|url =http://www.tempointeraktif.com/hg/nasional/2005/06/03/brk,20050603-62010,id.html
|title =Prabowo dan Sjafrie Tak Penuhi Panggilan Komnas HAM
|publisher =tempointeraktif
|date =3 Juni 2005
|accessdate =7 Oktober 2008
|archive-date =2008-12-04
|archive-url =https://web.archive.org/web/20081204000550/http://www.tempointeraktif.com/hg/nasional/2005/06/03/brk,20050603-62010,id.html
|dead-url =yes
}}</ref><ref>{{id}} {{Cite news
|first =M. Rizal
|last =Maslan
|url =http://news.detik.com/read/2005/06/15/160543/381961/10/komnas-panggil-wiranto-prabowo--sjafrie-untuk-ketiga-kali
|title =Komnas Panggil Wiranto, Prabowo & Sjafrie untuk Ketiga Kali
|publisher =Detik
|date =15 Juni 2005
|accessdate =18 April 2014
|work =[[Detik.com|detikcom]]
|archive-date =2014-04-22
|archive-url =https://web.archive.org/web/20140422184551/http://news.detik.com/read/2005/06/15/160543/381961/10/komnas-panggil-wiranto-prabowo--sjafrie-untuk-ketiga-kali
|dead-url =no
}}</ref>
Pengakuan mengejutkan datang dari Kivlan Zen yang pada masa 1998 setia kepada Prabowo. Ia mengaku mengetahui pasti di mana keberadaan 13 orang aktivis yang dipermasalahkan, dan tahu pasti mereka telah dibunuh. Kivlan Zen menantang dibukanya kembali kasus penculikan ini dan dia mengatakan seluruh hal yang diketahuinya. Ia menyatakan operasi penculikan 13 orang tersebut adalah perbutan pihak yang ingin mendiskreditkan Prabowo. Karena pernyataan ini, Komnas HAM didesak untuk membuka kembali penyelidikan atas kasus ini, namun Komnas HAM berkomentar bahwa itu hanyalah pernyataan pribadi Kivlan Zen. Secara resmi pernyataan Kivlan Zen sudah pernah dicatat dalam penyelidikan Komnas HAM dan kini sudah berada di Kejaksaan Agung.<ref>[http://m.merdeka.com/peristiwa/heboh-ucapan-karib-prabowo-soal-penculikan-wiji-thukul-dkk.html ''Heboh Ucapan Karib Prabowo Soal Penculikan Wiji Tukhul dkk''.] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20140504223102/http://m.merdeka.com/peristiwa/heboh-ucapan-karib-prabowo-soal-penculikan-wiji-thukul-dkk.html |date=2014-05-04 }} Diakses dari situs berita Merdeka pada 3 Mei 2014</ref>
=== Tuduhan pernyataan pengusiran orang Tionghoa ===
|