Pada tanggal 1 Maret 2019, Zirkzee mencetak [[trigol|tiga gol]] dalam debutnya untuk [[FC Bayern München II|Bayern München II]].[14] Sehari kemudian, ia mencetak gol kemenangan untuk tim U-19 saat mereka mengalahkan [[1. FC Nürnberg]] dengan skor 2–1.[14]<ref name="SBNation">{{cite web |url=https://www.bavarianfootballworks.com/2019/3/5/18251408/bayern-munich-rise-talent-youngster-joshua-zirkzee-hat-trick-super-sub-amateur-great-future |title=The rise of youngster Joshua Zirkzee |website=SB Nation |date=5 March 2019 |access-date=18 December 2019}}</ref> Zirkzee melakoni debut profesionalnya di [[3. Fußball-Liga]] untuk Bayern Munich II pada 20 Juli 2019, masuk sebagai pemain pengganti pada menit ke-74 menggantikan Oliver Batista Meier dalam pertandingan tandang melawan [[Würzburger Kickers]].[15]<ref>{{cite web |url=https://www.worldfootball.net/report/3-liga-2019-2020-wuerzburger-kickers-bayern-muenchen-ii/ |title=Würzburger Kickers – Bayern München II -:- (3. Liga 2019/2020, 1. Round) |website=worldfootball.net |publisher=HEIM:SPIEL |date=20 July 2019 |access-date=20 July 2019}}</ref>
Pada 11 Desember 2019, Zirkzee melakoni debutnya untuk tim senior melawan [[Tottenham Hotspur F.C.|Tottenham Hotspur]] dalam pertandingan terakhir [[Babak grup Liga Champions UEFA 2019–2020|penyisihan grup Liga Champions Eropa]].[16]<ref>{{cite web |url=https://www.vtbl.nl/video/artikel/4952566/prachtig-moment-zirkzee-debuteert-de-champions-league |title=Prachtig moment: Zirkzee debuteert in de Champions League |website=vtbl.nl |language=nl |date=11 December 2019 |access-date=1 February 2021 |archive-date=11 December 2019 |archive-url=https://web.archive.org/web/20191211231341/https://www.vtbl.nl/video/artikel/4952566/prachtig-moment-zirkzee-debuteert-de-champions-league |url-status=dead }}</ref> Ia kemudian melakoni debutnya di [[Bundesliga 2019–2020|Bundesliga]] pada 18 Desember, masuk sebagai pemain pengganti pada menit ke-90 dalam pertandingan melawan [[SC Freiburg|Freiburg]] yang berakhir imbang 1–1; ia mencetak gol kemenangan segera setelah masuk ke dalam permainan. Tak lama setelah itu, [[Serge Gnabry]] menambah gol tambahan di masa tambahan waktu untuk mengamankan kemenangan 3–1.[17]<ref>{{cite web |url=https://www.eurosport.de/fussball/bundesliga/2019-2020/fc-bayern-joshua-zirkzee-fuhrt-fcb-zum-sieg-beim-sc-freiburg_sto7581477/story.shtml |title=Zirkzee macht's! 18-jähriger Debütant führt Bayern zum Sieg in Freiburg |website=Eurosport |language=de |date=18 December 2019 | access-date = 1 February 2021}}</ref> Dua hari kemudian, ia kembali masuk dari bangku cadangan pada menit-menit akhir pertandingan dan mencetak gol kemenangan saat Bayern mengalahkan [[VfL Wolfsburg|Wolfsburg]].[18]<ref>{{cite web|url=https://www.espn.com/soccer/report?gameId=548219|title=Bayern Munich's Joshua Zirkzee, Serge Gnabry strike late to beat Wolfsburg|website=ESPN|date=21 December 2019|access-date=21 December 2019}}</ref> Pada 13 Juni 2020, Zirkzee mencetak gol pembuka dalam kemenangan 2–1 Bayern Munich atas [[Borussia Mönchengladbach]].[19]<ref>{{cite web | url = https://fcbayern.com/us/news/matchreports/2020/06/match-report-bundesliga-md31-fc-bayern-v-borussia-moenchengladbach-130620 | title = Champagne on ice as Reds overcome Gladbach | website = FC Bayern Munich | date = 13 June 2020 | access-date = 13 June 2020}}</ref> Ia mengakhiri musim debutnya dengan ''[[Treble (sepak bola)|treble]]''.
