Pragaan terdiri dari desa-desa sebagai berikut: Aeng Panas, Jaddung, Karduluk, Pakamban, Pragaan Dajah, Pragaaan Lao, Prenduan, Sentol Daja, dan Sentol Lao'. Pusat kegiatan pemerintahan kecamatan terletak di desa Pragaan Lao'.
===Prenduan===
Terletak di sebelah timur desa Pragaan Lao', Prenduan adalahmerupakan desa yang paling pesat perkembangannya dan paling banyak penduduknya di kecamatan Pragaan. Asal nama Prenduan dipercaya berasal dari [[Bahasa Madura]] '''arendhuharenduh''', yaitu posisi ketika sapi atau kuda meringkuk. Menurut legenda di desa inilah tempat beristirahatnya kuda yang dinaiki [[Jokotole]] dalam perjalanan pulang dari kerajaan [[Majapahit]] menuju [[Sumenep]]. Cerita lain menyebutkan bahwa desa ini merupakan tempat beristirahat pasukan berkuda Belanda jika dalam perjalanan dari [[Pamekasan]] menuju [[Sumenep]]. Lokasi desa memang hampir di tengah-tengah jarak antara kedua kota. Dahulu desa ini adalah tempat yang cukup hijau, ramai dan dekat dengan sumber air, masuk akal jika Jokotole maupun Belanda memilih tempat ini sebagai tempat istirahat.
