Pada zaman sekarang,terdapat banyak ninja di dunia ini salah satunya adalah ninja Hatori Hanzo yang berasal dari klan Iga. Ia sangat hebat dalam menguasai teknik-teknik ninja. Pada suatu hari, tanpa disengaja Hattori dari Iga pergi ke kamar Kenichi. Beberapa waktu kemudian, saat kelas Kenichi kedatangan seorang murid baru yang bernama Kibimaki dari klan Koga, Kibimaki selalu bermusuhan dengan Hattori dan Kenichi karena dari zaman dulu, Iga adalah musuh besarnya Koga, dan karena Kenichi selalu berebutan Yumeko(teman sekelas) dengan Kibimaki. Suatu hari, adik Hattori yang bernama Shinzo bersama anjingnya (Shisimaru) datang ke tempat Kenichi untuk tinggal bersama kakaknya Hatori . Sejak saat itu, mulailah petualangan yang seru Kenichi, Hattori, Shinzo, Kibimaki, Yumeko dan Shisimaru dimulai.