Plasmid: Perbedaan antara revisi

'''Plasmid''' adalah [[DNA]] [[ekstrakromosomal]] yang dapat bereplikasi secara [[autonom]] dan bisa ditemukan pada sel hidup<ref name="r"></ref>. Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut<ref name="r"></ref>. Umumnya, plasmid mengkodekan gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.<ref name="r">{{en}}{{cite journal

| author = ROYSTONRoyston C. CLOWESClowes

| journal = BACTERIOLOGICALBacteriological REVIEWSReviews

</ref>.

Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, namun ada juga plasmid linear yang dapat ditemukan pada [[mikroorganisme]] tertentu, seperti ''[[Borrelia burgdorferi]]'' dan ''[[Streptomyces]]''.<ref>{{en}}{{cite journal

</ref>. Plasmid ditemukan dalam bentuk [[DNA]] utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi [[superkoil]] atau kumparan terpilin.<ref name="x"></ref>. Struktur superkoil terjadi karena [[enzim]] [[topoisomerase]] membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama [[replikasi]] plasmid berlangsung.<ref name="x"></ref>. Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut clingkaran tertutup kovalen atau ''ovalentlycovalently closed circular'' (ccc), namun apabila kedua utas DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai ''open circuler'' (oc).<ref name="x">{{cite book |last= Brown|first= Terry A. |authorlink= |coauthors= |title= Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction |year= 2010|publisher= Wiley-Blackwell|location= |id= ISBN 978-1-4051-8173-0}}Hal. 35-36</ref>.

Penemuan akan plasmid telah dimulai sejak tahun 1887, ketika [[Robert Koch]] mempublikasikan penelitiannya tentang bakteri ''[[Bacillus anthracis]]'' sebagai penyebab penyakit [[antraks]].<ref name="a"></ref>. Sekitar 100 tahun kemudian, para ilmuwan menemukan bahwa bakteri tersebut memiliki 2 plasmid yang merupakan [[faktor virulensi]] penyebab antraks.<ref name="a"></ref>. Keyakinan akan keberadaan DNA plasmid berhasil dibuktikan oleh [[J. Lederberg]] dan dan [[W. Hayes]] pada tahun 1950-an.<ref name="a"></ref>. Kedua ilmuwan tersebut berhasil menyelidiki tentang peristiwa [[konjugasi]] pada ''Escherichia coli'' yang melibatkan plasmid.<ref name="a"></ref>. Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal yang menyebabkan resistensi [[antibiotik]] pada golongan [[bakteri]] enterik dan dapat ditransmisikan antarsel<ref name="a"></ref>. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.<ref name="a">{{en}}{{cite book |last= Gregory Phillips G, Funnell BE |first= |authorlink= |coauthors= |title= Plasmid biology |year= 2004|publisher= ASM Press|location= Washington|id= ISBN 978-1-55581-265-2}}Hal.1-6</ref>.

Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersil oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai [[vektor]] [[kloning]]<ref name="q"></ref>. Agar dapat digunakan sebagai [[vektor kloning]], plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (''high copy number''), memiliki [[gen penanda seleksi]] dan [[gen pelapor]], serta memiliki situs pemotongan [[enzim restriksi]] untu memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid<ref name="q">{{en}}{{cite book |last= |first= Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, and Monty Krieger |authorlink= |coauthors= |title= Molecular Cell Biology|year= 2007|publisher= W. H. Freeman|location= |id= ISBN 978-0-7167-7601-7 }}</ref>.

Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat [[fenotipe]] yang dikodekan oleh DNA plasmid tersebut.<ref name="p"></ref>. Contohnya [[plasmid ColE1]] yang berasal dari ''E. coli'' dapat menyandikan ''[[bakteriocin colicin]]''.<ref name="p"></ref>. Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid [[kloning]] membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka<ref name="p"></ref>. Huruf kapital diambil dari nama [[institusi]] atau [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut<ref name="p"></ref>. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode laboratorium tempat plasmid tersebut dibuat<ref name="p"></ref>. Contohnya: [[pBR322]], "p" menyatakan plasmid, BR merupakan [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari [[Bolivar]] dan [[Rodriguez]], perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dll.<ref name="p">{{en}}{{cite book |last= |first= Matthew R. Walker, Ralph Rapley|authorlink= |coauthors= |title= Route maps in gene technology|year= 1997|publisher= Wiley-Blackwell|location= |id= ISBN 978-0-632-03792-6}}Hal.176-177</ref>.

Untuk mencegah pembuang plasmid dari sel yang tidak lagi membutuhkannya, terdapat beberapa mekanisme yang sudah diketahui.<ref name="a"></ref>. Salah satunya adalah beberapa plasmid menyandikan protein yang dapat membunuh sel yang membuangnya.<ref name="a"></ref>. Mekanisme ini disebut [[ketergantungan plasmid]] (''plasmid addiction'') yang diklasifikasikan menjadi tiga jenis berdasarkan aksi yang dilakukan [[protein antitoksin]] yang disandikan plasmid.<ref name="a"></ref>. Ketiga jenis aksi tersebut adalah berinteraksi dengan [[toksin]], melindungi target yang akan diserang toksin, dan menghambat ekspresi toksin tersebut.<ref name="a"></ref>.