Blot Southern: Perbedaan antara revisi

'''Southern Blot''' merupakan proses perpindahan fragmen [[DNA]] yang terpisah secara [[elektroforesis]] dari gel ke membran.<ref name=wat>{{en}} Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. 2004. Molecular Biology of The Gene 5th ed. San Fransisco : Benjamin Cummings. Hal. 77-85.</ref> Metode ini diambil dari nama penemunya yaitu Edward M. Southern.<ref name=wat/>

Prinsipnya adalah kapilaritas, dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari gel ke membran.<ref name=wat/> Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.<ref name=wat/> Membran yang digunakan pada proses Southern Blotting adalah membran [[nitroselulosa]].<ref name=zup>{{en}} Zuppaedo AB, Siebeling RJ. 1998. An Epimerase Gene Essential for Capsule Synthesis in Vibrio vulnificus. ''Infect Immun'' 66(6): 2601–2606.</ref>

 

==Tahapan Southern Blot==

Tahap awal dari metode Southern Blot adalah pendigestian DNA dengan enzim restriksi endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil.<ref name=mol/> Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan elektroforesis agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting.<ref name=mol/> Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa.<ref name=mol/> Pada teknik blotting dengan menggunakan vakum, membran diletakkan pada bagian bawah gel.<ref name=mol/> Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi kontak antara gel dengan membran.<ref name=mol/> Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya kapilaritas.<ref name=mol/> setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi (60^oC-100^oC) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan kovalen dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran.<ref name=mol/> Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel [[radioaktif]], tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar.<ref name=mol/> Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi.<ref name=mol/> Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran.<ref name=mol/> Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran.<ref name=mol/> Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan visualisasi pada film X-ray melalui autoradiografi.<ref name=mol>{{en}} [MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].</ref>