Blot Southern: Perbedaan antara revisi

'''Southern Blot''' merupakan proses perpindahan fragmen [[DNA]] yang terpisah secara [[elektroforesis]] dari gel ke membran.<ref name=wat>{{en}} Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. 2004. Molecular Biology of The Gene 5th ed. San Fransisco : Benjamin Cummings. Hal. 77-85.</ref> [[Metode]] ini diambil dari nama penemunya yaitu [[Edward M. Southern]].<ref name=wat/>

Prinsipnya adalah [[kapilaritas]], dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari [[gel]] ke membran.<ref name=wat/> Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.<ref name=wat/> Membran yang digunakan pada proses Southern Blotting adalah membran [[nitroselulosa]].<ref name=zup>{{en}} Zuppaedo AB, Siebeling RJ. 1998. An Epimerase Gene Essential for Capsule Synthesis in Vibrio vulnificus. ''Infect Immun'' 66(6): 2601–2606.</ref>

Southern Blot merupakan sebuah [[metode]] yang sering digunakan dalam bidang [[biologi molekuler]] untuk menguji keberadaan dari suatu sekuen DNA dalam suatu sampel DNA.<ref name=wat/> Metode ini ditemukan oleh seorang ahli biologi dari Inggris yang bernama [[Edward M. Southern]], yang mengembangkan prosedur ini pada tahun 1975 di [[Universitas Edinburgh]].<ref name=sou>{{en}}Southern EM. 1975. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. ''J Mol Biol'' 98:503-517.</ref>

Metode ini mengkombinasikan [[elektroforesis]] gel agarosa untuk memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke [[membran]] filter untuk selanjutnya dilakukan [[hibridisasi]] dengan [[probe]].<ref name=sou/> Untuk mengidentifikasi ataupun melacak suatu fragmen DNA spesifik, diperlukan suatu pelacak (probe).<ref name=sou/> DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis.<ref name=sou/> Probe yang dilabel akan terhibridisasi pada pita-pita DNA untuk mengetahui apakah DNA tersebut mengandung gen yang diinginkan.<ref name=sou/> Southern blot mendeteksi ssDNA dengan menggunakan DNA sebagai pelacak.<ref name=sou/> Selain Southern Blot, metode lain yang mirip dan dikembangkan dari Southern Blot adalah [[Western Blot]], [[Northern Blot]], dan [[Southwestern Blot]] yang memiliki prinsip yang sama, namun molekul yang akan dideteksi dan pelacak yang digunakan berbeda.<ref name=wat/> Kegunaan dari Southern Blot adalah untuk menganalisis keberadaan [[mutan]] yang ada pada suatu organisme dan dapat diketahui ukuran dari gen yang menjadi mutan pada [[organisme]] tersebut.<ref name=sou/>

Teknik Southern Blot telah digunakan dalam berbagai [[aplikasi]] di bidang kesehatan maupun pada rekayasa [[genetika]].<ref name=gun/> Salah satunya digunakan untuk menganalisis sistem major histokompatibilitas pada tikus dan menganalisis penyusunan klon dari gen T-cell receptor penyakit luka yang diakibatkan oleh [[mikosis]] dari [[fungoides]].<ref name=gun>{{en}} Gunther E, Wurst W, Wonigeit K, Epplen JT. Analysis of the rat major histocompatibility system by Southern blot hybridization. ''J Immunol'' 143(2);1257-1261.</ref><ref name=dos>{{en}} Dosaka N, Tanaka T, Fujita M, Miyachi Y, Horio T, Imamura S. 1989. Southern blot analysis of clonal rearrangement of T-cell receptor gene in plaque lesion of mycosis fungoides. ''J Invest Dermatology'' 93;626-629.</ref>

Tahap awal dari [[metode]] Southern Blot adalah pendigestian [[DNA]] dengan [[enzim restriksi]] endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil.<ref name=mol/> Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan [[elektroforesis]] agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting.<ref name=mol/> Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa.<ref name=mol/> Pada teknik blotting dengan menggunakan [[vakum]], membran diletakkan pada bagian bawah gel.<ref name=mol/> Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi [[kontak]] antara gel dengan membran.<ref name=mol/> Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya [[kapilaritas]].<ref name=mol/> setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi (60^oC-100^oC) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan [[kovalen]] dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran.<ref name=mol/> Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel [[radioaktif]], tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar.<ref name=mol/> Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi.<ref name=mol/> Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran.<ref name=mol/> Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran.<ref name=mol/> Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan [[visualisasi]] pada film [[X-ray]] melalui autoradiografi.<ref name=mol>{{en}} [MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].</ref>