Nama "Padmanaba" yang sekarang dikenal sebagai nama lain dari SMA Negeri 3 Yogyakarta serta dipakai sebagai nama [[organisasi]] yang anggotanya para alumni dan semua yang pernah bersekolah di SMA Negeri 3 Yogyakarta, digunakan sejak ada sejak tahun 1942. Penggagasnya adalah RJ Katamsi selaku Kepala Sekolahyang pada waktu itu yang jugamenjabat sebagai Kepala Sekolah dan juga sebagai [[guru]] seni mengambar. Nama itu bermula ketika beliau menjelaskan tentang sifat-sifat dasar [[teratai]] kepada murid-muridnya. Beliau mengatakann bahwa bunga teratai merah atau [[lotus]] yang dikenal dengan nama [[Latin]] Nelumbium speciosum dan dalam Bahasa [[Sanskerta]] disebut Padma, bagi bangsa timur melambangkan sebuah kesakralan dalam berbagai masalah kehidupan. Kuncupnya mengandung arti yaitu kekuatan yang membumbung tinggi ke atas. Bila air pasang,maka teratai ikut naik, bila air surut, maka akan ikut turun. Teratai tumbuh di lingkungan air yang berlumpur, kotor, dengan akar serabut yang saling mengait, namun tetap indah, bersih, dan tidak tercemar sama sekali. Daun pohon teratai pun tumbuh ke arah atas hingga mengambang di atas air dan tidak basah oleh air kotor. Susunan dan kombinasi antara daun dan bunganya pun sangat serasi dengan lingkungan dimana teratai tersebut hidup. Semua itu melambangkan ketidakterikatan kehidupan terhadap keadaan lahiriah atau fisik sekitarnya, dan tersusun atas suatu harmoni kehidupan tanpa tercemar atau terpengaruh oleh alam lingkungannya.
Bunga teratai warna merah melambangkan kesucian yang keindahannya terjangkau oleh siapapun juga mulai dari yang paling rendah atau hina sekalipun, dan sebagai perlambang atas pencapaian tingkat kesadaran tertinggi dalam kehidupan macam apapun.
