Sekuensing asam nukleat: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
k bot kosmetik perubahan |
Tidak ada ringkasan suntingan |
||
Baris 4:
Sekuens DNA menyandikan informasi yang diperlukan bagi [[makhluk hidup]] untuk melangsungkan hidup dan [[reproduksi|berkembang biak]]. Dengan demikian, penentuan sekuens DNA berguna di dalam ilmu pengetahuan 'murni' mengenai mengapa dan bagaimana makhluk hidup dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktis. Karena DNA merupakan ciri kunci makhluk hidup, pengetahuan akan sekuens DNA dapat berguna dalam penelitian [[biologi]] manapun. Sebagai contoh, dalam [[ilmu pengobatan]] sekuensing DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan [[penyakit genetik]]. Demikian pula halnya, penelitian pada agen penyebab penyakit ([[patogen]]) dapat membuka jalan bagi pengobatan [[penyakit menular]]. [[Bioteknologi]], yang dapat pula memanfaatkan sekuensing DNA, merupakan bidang yang berkembang pesat dan berpotensi menghasilkan banyak barang dan jasa berguna.
Karena RNA dibentuk dengan [[transkripsi]] dari DNA, informasi yang dikandung RNA juga terdapat di dalam DNA cetakannya sehingga sekuensing DNA cetakan tersebut sudah cukup untuk membaca informasi pada RNA. Namun demikian, sekuensing [[RNA]] dibutuhkan khususnya pada [[
== Sekuensing DNA ==
Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan ''metode terminasi rantai'' yang dikembangkan oleh [[Frederick Sanger]] dan rekan-rekannya [http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=431765]. Teknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA ''in vitro'' yang spesifik untuk sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.
=== Metode Sanger ===
Baris 25:
Mesin sekuensing DNA automatis modern mampu mengurutkan 384 sampel berlabel fluoresens sekaligus dalam sekali ''batch'' (elektroforesis) yang dapat dilakukan sampai 24 kali sehari. Hal tersebut hanya mencakup proses pemisahan dan proses pembacaan kurva; reaksi sekuensing, pembersihan, dan pelarutan ulang dalam [[larutan penyangga]] yang sesuai harus dilakukan secara terpisah.
Untuk memperoleh hasil reaksi berlabel yang dapat dideteksi dari DNA cetakan, metode "sekuensing daur" (''cycle sequencing'') paling lazim dilakukan. Dalam metode ini dilakukan berturut-turut penempelan ''primer'' (''primer annealing''), ekstensi oleh polimerase DNA, dan denaturasi (peleburan atau ''melting'') untai-untai DNA cetakan secara berulang-ulang (25–40 putaran). Kelebihan utama sekuensing daur adalah lebih efisiennya penggunaan pereaksi sekuensing yang mahal ([[BigDye]]) dan mampunya mengurutkan templat dengan struktur sekunder tertentu seperti ''hairpin loop'' atau daerah kaya-GC. Setiap tahap pada sekuensing daur ditempuh dengan mengubah temperatur reaksi menggunakan mesin pendaur panas (''thermal cycler'') [[PCR]]. Cara tersebut didasarkan pada fakta bahwa dua untai DNA yang komplementer akan saling menempel (berhibridisasi) pada temperatur rendah dan berpisah (terdenaturasi) pada temperatur tinggi. Hal penting lain yang memungkinkan cara tersebut adalah penggunaan enzim DNA polimerase dari organisme termofilik (organisme yang hidup di lingkungan bertemperatur tinggi), yang tidak mudah terurai pada temperatur tinggi yang digunakan pada cara tersebut (>95 °C).
=== Metode Maxam-Gilbert ===
Pada waktu yang kira-kira hampir bersamaan dengan dikenalkannya metode sekuensing Sanger, Maxam dan Gilbert mengembangkan metode sekuensing DNA yang didasarkan pada modifikasi kimiawi DNA yang dilanjutkan dengan pemotongan DNA [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=265521].
Metode ini mulanya cukup populer karena dapat langsung menggunakan DNA hasil pemurnian, sedangkan metode Sanger pada waktu itu memerlukan [[kloning]] untuk membentuk DNA untai tunggal. Seiring dengan dikembangkannya metode terminasi rantai, metode sekuensing Maxam-Gilbert menjadi tidak populer karena kerumitan teknisnya, digunakannya bahan kimia berbahaya, dan kesulitan dalam ''scale-up''.
=== Pyrosequencing ===
{{utama|pyrosequencing}}
Pyrosequencing adalah adalah teknik pemetaan [[DNA]] yang berdasarkan deteksi terhadap [[pirofosfat]] (PPi) yang dilepaskan selama [[sintesis]] DNA.<ref name=poirel/> Teknik ini memanfaatkan [[reaksi]] [[enzimatik]] yang dikatalisis oleh [[ATP sulfurilase]] dan [[luciferase]] untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan [[nukleotida]].<ref name=poirel>{{en}} Poirel L, Naas T, Nordmann P. 2006. Pyrosequencing as a Rapid Tool for Identification of GES-Type Extended-Spectrum Lactamases. ''J Clin Microbiol'' 44(8):3008-11.</ref>
<!--
===Other DNA sequencing methods===
Baris 49 ⟶ 54:
== Lihat pula ==
* [[Sandi genetik]]
* [[Reaksi
* [[Proyek Genom Manusia]]
== Referensi ==
{{reflist}}
== Pranala luar ==
| |||