Medio tahun 2008, Muchdi PR menjadi terdakwa dalam kasus HAM,pembunuhan Pembunuhanaktivis HAM ([[Munir]]). Ia dianggap bertanggung jawab atas kematian Munir, yang motifnya menurut Jaksa Penuntut Umum, adalah dendam dikaitkan kepada kasus penculikan aktivis 97-98 yang dilakukan oleh [[Tim Mawar#Tim Mawar|tim Mawar]]. yang padaPada saat persidangan, terungkap bahwa dia sama sekali tidak terlibat dalam penculikan tersebut karena peristiwa tersebut terjadi dalam kurun waktu yang sama ketika ia menjabat sebagai Panglima Kodam Tanjungpura, Kalimantan,. danDalam justrupersidangan membebaskanyang parasama, aktivisterungkap yang ditangkap tersebutbahwa pada saat ia menjabat sebagai DanJend KOPASSUS menggantikan Prabowo., majelisia hakimjustru Pengadilanmembebaskan Negeripara Jakartaaktivis selatanyang padaditangkap. Pada tanggal 31 Desember 2008, Majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan menvonis Muchdi PR bebas Murnimurni dari segala dakwaan. saatSaat ini, Muchdiia aktif dalam organisasi politik. Ia dansempat menjabat sebagai Wakil Ketua Umum Partai [[Gerindra]]. Pada Februari 2011, Muchdi PRia menyatakan keluar dari Partai Gerindra dan bergabung dengan [[Partai Persatuan Pembangunan|PPP]] karena menurutnya, "Hanya PPP yang hingga saat ini masih murni Islam seluruhnya."<ref>{{id}} {{cite news
