Pada tahun 1850-an, pengelana Yahudi, [[Jacob Saphir]], adalah orang pertama yang menulis mengenai komunitas Yahudi di [[Hindia-Belanda]], setelah mengunjungi [[Batavia]]. Di Batavia, ia telah banyak berbicara dengan seorang Yahudi lokal, yang telah memberitahunya bahwa ada sekitar 20 keluarga Yahudi di Kota itu dan beberapa di [[Semarang]]. Kebanyakan Yahudi yang hidup di Hindia-Belanda pada [[abad ke-19]] adalah [[Yahudi Belanda]] yang bekerja sebagai pedagang atau hal-hal yang berhubungan dengan rezim Kolonial. Namun, beberapa anggota komunitas juga merupakan imigran dari [[Yahudi Irak|Irak]] atau [[Yahudi Yaman|Yaman]]. Di masa Pemerintahan Belanda di Indonesia, Agama Yahudi diakui sebagai Agama resmi.
Pada saat Perang Dunia, jumlah Yahudi di Hindia-Belanda diperkirakan sekitar 2.000 jiwa. Yahudi Indonesia diasingkan ketika [[Pendudukan Jepang di Indonesia]] dan mereka dipaksa untuk bekerja di kamp penampungan. Setelah perang, Yahudi yang dilepas banyak menemui berbagai masalah, dan banyak yang berimigrasi ke [[Amerika Serikat]], [[Australia]] atau [[Israel]].
KetikaSetelah Indonesia memperoleh kemerdekaannya, pada masa Pemerintahan Presiden Indonesia yang pertama [[Soekarno]], hak penganut Yahudi sempat disamakan dengan Agama lainnya seperti [[Islam]], [[Kristen Protestan]], dan [[Kristen Katolik]]. Bahkan padamelalui surat keputusan Menteri Agraria yang dirilis pada tahun [[1961]] menyatakan bahwa beliau mengakui kaum Agama Israelit (sebutan kaum Agama Yahudi pada masa itu) diakui sebagai Agama resmi di Indonesia. Tidak banyak yang mengetahui pula, bahwa peristiwa 10 November 1945 juga melahirkan seorang pejuang yang berasal dari kaum Yahudi Surabaya, yaitu Charles Mussry. <ref>[http://m.jpnn.com/news.php?id=86712 Yahudi di Indonesia Ingin jadi Agama Resmi]</ref>
