Di danau ini terdapat 2930 spesies ikan air tawar dan tigaempat di antaranya merupakan [[endemik]] danau sentani yaitu ikan gabus danau sentani (''Oxyeleotris heterodon''), [[Ikan Pelangi Sentani]] (''Chilatherina sentaniensis''), [[Ikan Pelangi Merah]] (''Glossolepis incisus'') dan [[Hiu gergaji]] (''Pristis microdon''). Danau Sentani kaya akan beragam biota laut dan sudah dimanfaatkan untuk budidaya ikan air tawar. Danau Sentani juga dijadikan lokasi wisata untuk berenang, bersampan, menyelam, memancing, ski air serta wisata kuliner. Diantara ketiga ikan endemik danau sentani yang populasinya semakin menyusut adalah ikan gabus danau sentani,hal ini dikarenakan telur ikan ini dimakan oleh ikan gabus dari jenis yang lain.
