Sebelumnya Yayasan Bina diBangsa [[Kendari]] telah mendapatkan kepercayaan dari pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia untuk menyelenggarakan '''Akademi Manajemen Informatika dan Komputer YAPENAS (AMIK YAPENAS)'''. Program studi yang pertama kali diberikan ijin pengelenggaraan pendidikan adalah Program Studi Manajemen Informatika dengan status terdaftar berdasarkan SK '''Mendikbud Nomor: '''. Pada tahun , AMIK YAPENAS menambah satu jurusan yaitu Komputerisasi Akuntansi dengan status terdaftar berdasarkan persetujuan dari Dirjen Dikti dengan ''''''. Sebagai salah satu bentuk pertanggungjawaban kepada pemerintah dan masyarakat maka AMIK Widya Pratama di Pekalongan menaikkan status dari terdaftar ke status disamakan untuk jurusan Manajemen Informatika
Dalam rangka efisiensi dan meningkatkan [[efektifitas]] pelayanan maka berdasarkan '''SK Mendiknas Nomor:75/D/O/2004''' telah disetujui penggabungan AMIK Widya Pratama ke dalam STMIK Widya Pratama di Pekalongan. Dengan demikian mulai tahun akademik 2004/2005, STMIK Widya Pratama di Pekalongan menyelenggarakan Program Strata 1 (S1) untuk program studi Sistem Informasi dan program studi Teknik Informatika, sedangkan untuk Program Diploma 3 (D3) untuk program studi Manajemen Informatika dan program studi Komputerisasi Akuntansi.
