Bondowoso United FC terbentuk pada tanggal 25 Februari 2010. Untuk musim 2011/12 Bondowo United Merger dengan [[Persipro Probolinggo]], karena Persipro Probolinggo kekurangan dana maka merger dengan Bondowoso United FC. Keuntungan dari BOndowoso United adalah bisa ikut kompetisi Divisi Utama tanpa perjuangan dari Divisi 3 dan Divisi 2. Apabila suatu saat Persipro Probolinggo dan Bondowoso United Fc berpisah, maka secara otomatis bisa ikut Divisi Utama tanpa perjuangan. Namun ditengah musim,, merger kedua tim tersebut pecah karena pihak investor dari Bondowoso United yaitu Syaiful Bahri mendadak menghilang dan menelantarkan ke 3 pemain asing yang dikontrak oleh Bondowoso United
