Pdt. Alex menikah dengan Yenny Oentario pada [[23 Februari]] [[1963]], dan dikaruniai 3 orang anak, yaitu Pdt. Hanna Asti Tanuseputra atau Hanna Hadisiswantoro (kelahiran [[1963]]), Pdm. Aswin Tanuseputra ([[1964]]), dan Andrew Tanuseputra ([[1966]]). Suami dari Pdt. Hanna adalah Pdt. Dr. Yusak Hadisiswantoro, M.A. yang merupakan salah satu ketua bidang di Sinode Bethany. Dari putri pertamanya, Pdt. Alex mendapatkan 3 orang cucu, dan dari kedua putranya masing-masing 2 orang cucu. Ketiga orang anak dan menantu Pdt. Alex terlibat aktif dalam Gereja Bethany.
