|[[BataviaGaruda AirIndonesia]]|[[Bandar Udara Internasional Sepinggan|Balikpapan]]'' (tutup 22 Oktober 2012)'', [[Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta|Jakarta-Soetta]]'' (tutup 22 Oktober 2012)'''<ref>http://www.radartarakan.co.id/index.php/kategori/detail/Ekonomi/27960</ref>|Domestik
|[[Garuda Indonesia]]|[[Bandar Udara Internasional Sepinggan|Balikpapan]] ''(mulai 12 Desember 2012)''<ref>http://airlineroute.net/2012/09/06/ga-crk-update1/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=ga-crk-update1</ref><ref>http://beritadaerah.com/news/getContent/74385</ref>, [[Bandar Udara Internasional Sultan Hasanuddin|Makassar]] ''(mulai Oktober 2012)''<ref>http://infopenerbangan.com/berita/gunakan-bombardier-garuda-buka-5-rute-di-makassar/#more-13392</ref>|Domestik
|[[Kalstar Aviation]]|[[Berau]], [[Bandar Udara Nunukan|Nunukan]]|Domestik
|[[Lion Air]]|[[Bandar Udara Internasional Sepinggan|Balikpapan]], [[Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta|Jakarta-Soetta]], [[Bandar Udara Internasional Juanda|Surabaya]]|Domestik