Kini mayoritas populasi Mindanao beragama katolik.
Pada saat sekarang muslim hanya menjadi mayoritas di kawasan otonOmiotonomi ARMM, The Autonomous Region in Muslim Mindanao (ARMM). ARMM di bawah kepemimpinan Misuari mencakup Maguindanao, Lanao del Sur, Sulu, dan Tawi-Tawi. ARMM dibentuk oleh pemerintah pada tahun 1989 sebagai daerah otonomi di Filipina Selatan. Sebagai hasil dari kesepakatan damai antara MNLF dan pemerintah pusat filipina. Ketika itu penduduk boleh menyatakan pilihannya untuk bergabung dalam wilayah otonomi Muslim dan hasilnya empat wilayah tersebut memilih untuk bergabung. Meskipun begitu kesepakatan itu tidak cukup memuaskan sebagian pejuang muslim sehingga munculah Moro Islamic Liberation Front (MILF) dan kelompok Abu Sayyaf. Kelompok ini bersumpah untuk menentang dan memboikot ARMM dan tetap memperjuangkan kemerdekaan. Meskipun pada saat sekarang MILF juga menerima otonami dengan syarat wilayah otonami ARMM diperluas dengan ditambahkan beberapa propinsi lagi sebagai tambahan.
