Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan memurnikan fragmen DNA. <ref>Fatchiyah. 2006. ''Gel Elektroforesis''. Malang: Brawijaya Press</ref>
[[Elektroforesis kertas]] adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase diam dan [[partikel]] bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ''ion''-ion kompleks. <ref name="Sulaiman, Hardi A & Kundari NA">Sulaiman, Hardi A & Kundari NA. 2007. Pemisahan dan karakterisasi spesi senyawa kompleks ytrium-90 dan sstronsium-90 dengan elektroforesis kertas. ''JFN, Vol.1 No.2''</ref> Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. <ref name="Sulaiman, Hardi A & Kundari NA"/> Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau [[valensi]] [[zat]] terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi ''elektrolit'', kekuatan ion, [[pH]], viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut. <ref>Khopkar SM. 2002.'' Konsep Dasar Kimia Analitik''. Jakarta: UI-Press.</ref>
[[Elektroforesis gel]] ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk memisahkan molekul-molekul. <ref name="Yepyhardi">Yepyhardi. 2009. ''Elektroforesis; Pintu Gerbang Penelitian Biologi Molekular''. Sciencebiotech.net[web]. http://sciencebiotech.net/elektroforesis-pintu-gerbang-penelitian-biologi-molekular</ref> Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan [[biomolekul]] yang lebih besar seperti [[protein]]-protein. <ref name="Yepyhardi"/> Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan [[poliakrilamida]] sebagai gel media. <ref name="Yepyhardi"/>
