# 1. Fakultas Filsafat: berstatus Diakui (SK MENDIKBUD Nomor: 0480/O/1988);
# 2. Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik: berstatus Terdaftar (SK MENDIKBUD Nomor: 0481/O/1988);
# 3. Fakultas Ekonomi: berstatus Terdaftar (SK MENDIKBUD Nomor: 0481/O/1988);
# 4. Fakultas Teknik: berstatus Terdaftar (SK MENDIKBUD Nomor: 0481/O/1988).
Saat ini Universitas Kristen Indonesia Maluku telah memiliki 9 program studi yang terdiri dari 1 program studi pada program pasca sarjana dan 8 program studi pada program sarjana .
