Di sisa sembilan tahun usia hidupnya, Ahmed Deedat menjalani rawat jalan terkait penyakit stroke kronis yang dideritanya di kediamannya di Verulam, Afrika Selatan.Selama dalam perawatan, Deedat hanya dapat mengkonsumsi makanan melalui selang yang langsung dimasukkan kedalam lambungnya melalui sebuah lubang di perutnya selama 9 tahun hingga ajalnya. Selama masa penderitaannya ini, Deedat juga sudah pernah dikunjungi untuk didoakan oleh orang-orang Kristen namun ia menolaknya dengan isyarat matanya. Deedat masih berstatus sebagai pemimpin IPCI, sebuah lembaga yang masih dipegangnya hingga meninggal. Namun Ahmed Dedat juga meninggalkan banyak hutang pada beberapa Ulama yang diwariskan kepada anak-anaknya. Karena seluruh harta kekayaan dari royalty hasil penjualan buku-bukunya yang sangat laris telah habis dipakai untuk biaya perawatannya selama 9 tahun masa kesengsaraannya itu, maka segala harta bendanya yang tersisa sangat tidak memadai untuk membayar hutang-hutangnya hingga saat ini. Pada 8 Agustus 2005, ia meninggal di rumahnya di Trevennen Road di Verulam, provinsi KwaZulu-Natal, Durban. Ia dimakamkan di pemakaman Verulam.
