Welbeck memulai pertandingan pertama musim melawan Everton pada 20 Agustus 2012, yang berakhir 1-0 untuk Everton. <ref>{{cite news|last=McNulty|first=Phil|title=Everton 1–0 Man Utd|url=http://www.bbc.co.uk/sport/0/football/19240566|accessdate=22 August 2012|newspaper=BBC|date=20 August 2012}}</ref> Ia digantikan oleh bintang dalam pembelian musim ini, [[Robin Vanvan Persie]]. Pada tanggal 22 Agustus 2012 ia menandatangani kontrak empat-tahun baru dengan Manchester United yang menyatakan bahwa bermain untuk Manchester United adalah semua yang dia inginkan. <ref>{{cite news|title=Danny Welbeck says playing for Manchester United 'all he ever wanted to do' after signing new four-year deal|url=http://www.telegraph.co.uk/sport/football/teams/manchester-united/9491762/Danny-Welbeck-says-playing-for-Manchester-United-all-he-ever-wanted-to-do-after-signing-new-four-year-deal.html|accessdate=22 August 2012|newspaper=The Telegraph|date=22 August 2012}}</ref> Dia mencetak gol pertamanya musim ini pada 20 Oktober, dalam kemenangan 4-2 di kandang untuk [[Stoke City]]. <ref>[http://www.bbc.co.uk/sport/0/football/19939725 "Manchester United 4-2 Stoke"] BBC Sport. 20 October 2012. Retrieved 13 February 2013.</ref> Pada 13 Februari 2013, Welbeck mencetak gol penting dalam imbang 1-1 melawan [[Real Madrid]] di [[Stadion Santiago Bernabéu]], menuju dari suduttentangan pojok [[Wayne Rooney]], gol pertamanya dalam hampir 4 bulan. <ref>[http://www.bbc.co.uk/sport/0/football/21348206 "Real Madrid 1-1 Man Utd"] BBC Sport. 13 February 2013. Retrieved 13 February 2013.</ref> gol Welbeck melawan Real Madrid di Stadion Santiago Bernabéu membuatnya sebagai orang Inggris pertama yang mencetak gol dari Liga Premier di Bernabeu sejak [[Alan Smith]] pada tahun 2001. Dia mengakhiri musim dengan total 2 gol dalam 39 penampilan.
