Secara luas di Aceh, agama [[Islam]] yang sangat konservatif lebih dipraktekkan, hal ini berbeda dengan penerapan Islam yang moderat di sebagian besar wilayah Indonesia lain. Perbedaan budaya dan penerapan agama Islam antara Aceh dan banyak daerah lain di Indonesia ini menjadi gambaran sebab konflik yang paling jelas. Selain itu, kebijakan-kebijakan [[sekuler]] dalam administrasi [[Orde Baru]] Presiden [[Soeharto]] (1965-1998) sangat tidak populer di Aceh, di mana banyak tokoh Aceh membenci kebijakan pemerintahan Orde Baru pusat yang mempromosikan satu 'budaya Indonesia'. Selanjutnya, lokasi provinsi Aceh di ujung Barat Indonesia menimbulkan sentimen yang meluas di provinsi Aceh bahwa para pemimpin di [[Jakarta]] yang jauh tidak mengerti masalah yang dimiliki Aceh dan tidak bersimpati pada kebutuhan masyarakat Aceh dan adat istiadat di Aceh yang berbeda.
