|
==REAKSI BERANTAI POLIMERASE==
[[File:RAPD Erika.png|thumb|Reaksi RAPD]]
'''Random Amplified Polymorphic DNA''' (RAPD) adalah pengembangan teknik dari [[PCR]] yang dapat menggandakan (mengamplifikasi) sekuens [[DNA]]. <ref name="Dhruve et al"> {{en}} {{cite book|author=Dhruve JJ, Kandoliya UK, Patel SV, Golakiya BA| title = DNA: A Bridge Between Biochemistry and Biotechnology| publisher = New India, New Delhi| year=2008|}} </ref> Perbedaannya dengan PCR adalah RAPD dapat mengamplifikasi segmen DNA yang tidak diketahui sekuensnya.<ref name="Dhruve et al"/> Hal ini menjadi mungkin dilakukan dengan menyusun dan mensintesis [[primer]] yang terdiri dari 10 [[basa nitrogen]]. <ref name="Dhruve et al"/> Primer ini kemudian akan menempel pada sekuens DNA yang akan diamplifikasi dan proses amplifikasi dengan PCR pun dilakukan. <ref name="Dhruve et al"/>
Reaksi Berantai Polimerase, merupakan suatu perangkat yang digunakan untuk memperpanjang sekuen tertentu yang digunakan sebagai target yang akan di perbanyak. Perangkat ini dapat dioperasikan dengan mudah, namun hal yang harus di perhatikan adalah suhu yang digunakan pada saat perangkat di larikan <ref name= "Wittwer">>{{en}} Carl T. Wittwer & Jared S Farrar. 2012. "Magic in Solution : an Intoduction and Brief History of PCR" in "PCR Troubleshooting & Optimization: The Essential Guide". Suzanne Kennedy,Nick Oswald Ed. 1-17. Norfolk (UK):Caisster Academic</ref>
==Primer==
Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. <ref name = "Johsi et al"> {{en}} {{cite journal | author= Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S| title = Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz| journal = Nepal J Sci Technol | volume=13|issue=2|page=73-78|year=2012}}</ref> Molekul primer dapat berupa molekul DNA, [[RNA]], atau bahkan [[protein]] spesifik. <ref name = "Johsi et al"/> Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. <ref name = "Johsi et al"/> Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.<ref name = "Johsi et al"/> Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi [[polimorfisme]]. <ref name = "Johsi et al"/> Dengan [[gel elektroforesis]], akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. <ref name = "Johsi et al"/>
==TAHAPAN==
Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (marker) dalam suatu percobaan. Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer reverse dan forward yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar (Gambar 1). Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang (Dhruve et al. 2008).
Secara garis besar, perangkat ini bekerja dalam 3 tahap utama dan 1 tahapan penyimpanan, dan 2 tahapan tambahan. Tahapan ini memerlukan pengkondisian yang sesuai dengan yang akan kita gunakan. Proses pelarian perangkat ini berdasarkan keenam tahap berikut tahapan sebelum denaturasi, denaturasi, anil, pemanjangan, tahapan setelah pemanjangan, dan penyimpanan. <ref name="Stephen">>{{en}} Stephen A Bustin. 2010. The PCR Revolution: Basic Technologies and Applications. 55-57. New York (US): Cambridge University</ref>
Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA (Gambar 2). Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di running pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang (Dhruve et al. 2008).
Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies (Dyke 2008).
3 (tiga) tahapan besar yang dilakukan adalah
[[Denaturasi DNA]]: Proses pemisahan dari ikatan ganda menjadi ikatan tunggal
[[Penempelan Primer]]: Merupakan tahapan penempelan primer pada sekuen target
[[Pemanjangan Sekuen]]: Dilakukannya pembacaan & penambahan jumlah
<ref name="Stephen"/>
==ReferensiJENIS PCR==
Ada berbagai macam PCR yang dapat digunakan. Nama yang dapat digunakan tidak harus menggunakan akhiran PCR namun memiliki fungsi yang sama yaitu untuk mengamplifikasi <ref name="Wittwer"/>
# [[RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction)]] <ref name="Wittwer"/>
# [[ERIC-PCR (Enterobacter Repertitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction)]]
# [[Inverted PCR]]
# [[Nested PCR]]
# [[RFLP]]
# [[ANDRA]]
# [[Q-PCR (Quantitaive PCR)]] <ref name="Wittwer"/>
==REFERENSI==
{{reflist}}
[[Kategori : Bioteknologi]]
[[Kategori : DNA]]
[[Kategori : Teknologi]]
[[en:user:BP60Fita]]
| 