Revisi per 29 Maret 2014 04.36 sunting BP62Stevanus (bicara \| kontrib) 1.213 suntingan Tidak ada ringkasan suntingan Tag: BP2014 ← Revisi sebelumnya		Revisi per 29 Maret 2014 04.38 sunting balikkan BP62Stevanus (bicara \| kontrib) 1.213 suntingan Tidak ada ringkasan suntingan Tag: BP2014 VisualEditor-alih Revisi selanjutnya →
Baris 1: ~~"""~~'''Biologi sistem merupakan penggabungan dari beberapa cabang ilmu, seperti genomik (genomics), biokimia, dan biologi molekular. Ilmu biologi sistem bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang menyeluruh tentang suatu organisme sebagai sistem. Beberapat strategi yang dipilih dalam biologi sistem antara lain adalah pengukuran kuantitatif komponen selular dalam tingkat mRNA, protein, dan metabolit, pengembangan model matematika yang menggabungkan pemahaman biokimia dengan data-data yang dihasilkan oleh eksperimen dengan output data bervolume tinggi, aplikasi mikroorganisme. Karena yang dianalisa merupakan data bervolume tinggi, dibutuhkan semacam perangkat mutakhir untuk mengolah, menganalisa, memvisualisasi, dan mensimulasikan data tersebut. Disinilah pengembangan ilmu [bioinformatika] berperan.~~"""~~''' Systems Biology Markup Language Untuk memudahkan analisa, evaluasi, dan penyebaran data-data eksperimen yang kompleks, dibutuhkan suatu standar informasi. System Biology Markup Language (SBML) adalah suatu format standar untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasinya dakam bentuk formal, kualitatif, maupun kuantitatif. Format ini telah diadopsi oleh lebih dari 180 peranti lunak yang terkait dengan pemodelan informasi biologi (Hucka et al. 2004; Likić et al. 2010). Sistems Biology Workbench Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak (framework software) yang berisi bermacam-macam tools biologi sistematik. Tools ini dapat berupa tools untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, tools untuk simulasi, dan tools untuk meng-import terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai sofware untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisa data biologi sistematik (Sauro et al. 2003; Likić et al. 2010). CellDesigner CellDesigner adalah program berbasis Java yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan meng-import model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan tools simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB (Funahashi et al. 2003; Likić et al. 2010). COPASI COPASI adalah simulator model independen yang bekerja untuk file yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada Ordinary Differential Equation (ODESs) dan model stokastik mengunakan alogaritma Gillespie. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state (Sahle et al. 2006; Likić et al. 2010). Data Primer Biologi Molekular dan Aplikasinya Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang (Likić et al. 2010). Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik Ralstonia eutropha H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen(Park et al. 2011).

Biologi sistem: Perbedaan antara revisi