Biologi sistem: Perbedaan antara revisi

'''Biologi sistem merupakan penggabungan dari beberapa cabang ilmu, seperti [[genomik]] (genomics), [[biokimia]], dan [[biologi molekuler]]. Ilmu biologi sistem bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang menyeluruh tentang(holistik) terhadap suatumahkluk organismehidup sebagai kesatuan sistem. BeberapatBeberapa strategi yang dipilih dalam biologi sistem antara lain adalah pengukuran kuantitatif komponen selular dalam tingkat mRNA, protein, dan metabolit, pengembangan model [[matematika]] yang menggabungkan pemahaman biokimia dengan data-data yang dihasilkan oleh eksperimen dengan output data bervolume tinggi, aplikasi mikroorganisme. Karena yang dianalisa merupakan data bervolume tinggi, dibutuhkan semacam perangkat mutakhir untuk mengolah, menganalisa, memvisualisasi, dan mensimulasikan data tersebut. Disinilah pengembangan ilmu [[bioinformatika]] berperan.<ref name="Likic">[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21331364]Likić V a, McConville MJ, Lithgow T, Bacic A. 2010. Systems biology: the next frontier for bioinformatics. ''Adv. Bioinformatics'': 1-10.</ref>'''

Untuk memudahkan analisa, evaluasi, dan penyebaran data-data eksperimen yang kompleks, dibutuhkan suatu standar informasi. System Biology Markup Language (SBML) adalah suatu format standar untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasinya dakam bentuk formal, kualitatif, maupun kuantitatif. Format ini telah diadopsi oleh lebih dari 180 peranti lunak yang terkait dengan pemodelan informasi biologi <ref (name="Hucka">[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17052114]Hucka M, Finney A, Bornstein BJ, Keating SM, Shapiro BE, Matthews J, Kovitz BL, Schilstra MJ, Funahashi A, Doyle JC, et al. 2004;. LikićEvolving eta al.lingua franca and associated software infrastructure for computational systems biology : the Systems Biology Markup Language ( SBML 2010) project. ''Syst. Biol.'' 1: 41-53.</ref><ref name= "Likic"/>.

Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak (framework software) yang berisi bermacam-macam tools biologi sistematik. Tools ini dapat berupa tools untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, tools untuk simulasi, dan tools untuk meng-import terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai sofware untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisa data biologi sistematik (<ref name="Likic"/> <ref name'"Sauro">[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14683609]Sauro etHM, alHucka M, Finney A, Wellock C, Bolouri H, Doyle J, Kitano H. 2003;. Next generation simulation tools: the Systems Biology Workbench and BioSPICE integration. LikićOMICS et al7:355–72. 2010)</ref>.

CellDesigner adalah program berbasis Java yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan meng-import model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan tools simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB (<ref name="Likic"/> <ref name'"Funahashi">[openwetware.org/images/c/c0/Funahashi.pdf‎] etFunahashi alA, Morohashi M, Kitano H, Kitano H, Tanimura N, Kitano H, Kitano H, Morohashi M. 2003;. LikićCellDesigner : eta alprocess diagram editor for gene-regulatory and biochemical network. 2010)''Biosilico'' 1:159–162. </ref> .

COPASI adalah simulator model independen yang bekerja untuk file yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada Ordinary Differential Equation (ODESs) dan model stokastik mengunakan alogaritma Gillespie. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state (Sahle et al. 2006;<ref Likićname"Likic"> et<ref alname="Sahle">[http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/22/24/3067.full]Sahle 2010)S, Gauges R, Kummer U, Lee C, Mendes P, Tech V. 2006. Simulation of Biochemical Networks Using COPASI - A Complex Pathway Simulator. Di dalam: Perrone LF, Wieland FP, Liu J, Lawson BG, Nicol DM, and Fujimoto RM. 2006. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference: 1698-1706.</ref>